Visbiežāk sastopamās tomātu augu problēmas ir slimības, kukaiņi un vides problēmas. Lai tomātus audzētu no tomātu stādiem par veseliem tomātu stādiem, ir jāsaprot, kādas problēmas var ietekmēt sakņu dārzu un kā izvairīties no tomātu kaitēkļiem.
Slimības visvairāk nomāc tomātu augu problēmas, jo bieži vien tās netiek ārstētas. Veiksmīga tomātu audzēšana ietvers augu novērošanu no tomātu sēklām līdz ražas novākšanai. Sēnes, kas tiek pārnestas caur augsni, piemēram, Fusarium un verticillium, bojā stublājus un izraisa stublāju krāsas maiņu. Kad stublājs tiek bojāts, barības vielas netiek nogādātas auga augšdaļā, kā rezultātā augs novīst un iet bojā. Ārstēšanas nav, tāpēc ir svarīgi iegādāties izturīgas šķirnes.
Cita veida slimības, kas var izraisīt tomātu augu problēmas, ir tomātu plankumainās vīšanas vīruss un tabakas mozaīkas vīruss. Tomātu plankumainās vītes vīrusu izplata tripši, un tas izraisa tomāta vēžu veidošanos, kā arī lapu un stublāju atmiršanu. Tā kā zāles nevar izārstēt, inficētie augi ir jāizņem no dārza un jāizmet. Tabakas mozaīkas vīrusu parasti izplata dārznieki, kuri smēķē vai ir nonākuši saskarē ar tabaku. Lai to novērstu, dārzniekiem pirms augu apstrādes jānomazgā rokas.
Kukaiņi veicina arī tomātu augu problēmas, pārnēsājot slimības vai ēdot augus. Ragu tārpi ir kāpuru veids, kas ēd lapotni. Parasti tie ir trīs līdz četras collas gari un viegli pamanāmi. Bieži vien pietiek ar to vienkāršu izņemšanu no inficētā auga. Cits kukaiņu veids, kas ēd lapas, ir blusu vabole. Labākais veids, kā atbrīvot augus no šī kukaiņa, ir noslaucīt lapas ar ziepjūdeni.
Sulu sūcošie kukaiņi, piemēram, laputis un sīpoli, arī rada problēmas ar tomātu augiem. Abi atrodas lapu apakšpusē, izraisot augu augšanu panīkumā. Ja invāzija ir smaga, tomāti neveidosies. Lai atbrīvotu inficētos augus no laputīm vai psilidiem, var izmantot insekticīdu ziepes.
Vides problēmas ir visizplatītākās tomātu stādu problēmas, un tās ir arī visvieglāk kontrolējamas. Ziedu gala puvi, kuras dēļ nogatavojušos tomātu dibens kļūst melns, saraujas un puvi, rodas nepietiekama kalcija daudzuma attīstības laikā. Regulāri laistot tomātu stādu un nepieļaujot ilgstošu sausumu, parasti tiek novērsta ziedu gala puve.
Augšanas plaisas ir vēl viena vides problēma, ko var viegli kontrolēt. Augšanas plaisas var veidot apļveida rakstu tomāta augšpusē vai veidot dziļas plaisas, kas stiepjas vertikāli no kāta līdz pamatnei. Abus izraisa sākotnēja pārmērīga laistīšana vai stiprs lietus periods, kam sekoja laistīšanas trūkums, kā rezultātā auga augšana bija panīkusi. Lai to novērstu, augi regulāri jālaista un nedrīkst pārlaistīties.