Ir vairāki iespējamie dzimumlocekļa čūlas cēloņi, un katram ir savas specifiskās ārstēšanas iespējas. Parasti čūlas uz ādas audiem ārstē ar antibiotiku, pretiekaisuma līdzekļu un pretsāpju līdzekļu kombināciju. Čūlainās vietas jātur mitras, lai veicinātu pareizu dzīšanu. Lai garantētu efektīvu ilgtermiņa atvieglojumu, īpaši jānovērš čūlas cēlonis; ja čūla ir, piemēram, sifilisa rezultāts, pacientam intramuskulāri jāievada penicilīna-G devas. Tas pats ārstēšanas princips attiecas uz citiem dzimumlocekļa čūlu cēloņiem, tostarp vēzi, šankroīdu un herpes.
Pacientam obligāti jāsargā dzimumlocekļa čūla no infekcijas, jo tas var izraisīt nopietnas veselības komplikācijas. Medicīnas speciālisti bieži iesaka lietot lokālas antibiotikas, lai novērstu potenciāli kaitīgus mikroorganismus, ja vien pacientam nav novērotas zāļu blakusparādības. Dažos gadījumos antibiotiku lietošana var veicināt čūlu veidošanos, tādēļ pārbaude pirms ārstēšanas ir svarīgs apsvērums. Gadījumā, ja antibiotikas nevar lietot, iespējama, kaut arī neērtāka, alternatīva ir vietējie antiseptiķi.
Čūlai var rasties neliels pietūkums, kas gan palielina pacienta diskomfortu, gan apgrūtina ārstēšanu. Medicīnas speciālisti iesaka lietot perorālos vai lokālos antihistamīna līdzekļus, lai kontrolētu iekaisumu. Ja ārstēšana nespēj efektīvi samazināt pietūkumu, pacienti var izvēlēties izmēģināt jaudīgākus kortikosteroīdus, lai atrisinātu problēmu. Gan antibiotikas, gan pretiekaisuma zāles var lietot kopā ar pretsāpju līdzekļiem, lai mazinātu diskomfortu, kas rodas pacientiem ar čūlainiem dzimumlocekļiem.
Papildus šīm vispārējām ārstēšanas metodēm pacientiem jāpārbauda un jāārstē attiecībā uz jebkādiem medicīniskiem stāvokļiem, kas varētu būt veicinājuši dzimumlocekļa čūlu veidošanos. Dzimumlocekļa čūla var veidoties vairāku seksuāli transmisīvo slimību rezultātā, tādēļ pacientam ir jāvēršas pret sakņu infekciju. Herpes var tikt galā ar pretvīrusu zālēm, piemēram, acikloviru un pencikloviru, ievērojami samazinot turpmākas čūlas attīstības iespējamību. No otras puses, chancroid infekcijas var novērst ar antibiotikām, piemēram, azitromicīnu un eritromicīnu.
Dzimumlocekļa vēzis var izraisīt arī čūlu veidošanos. Dzimumorgānu apvidū izveidotie audzēji var izčūloties, un apkārtējā āda bieži kļūst sacietējusi. Šādos gadījumos ir pieejamas vairākas ārstēšanas iespējas, tostarp ķīmijterapija, staru terapija un audzēju ķirurģiska izņemšana. Veiksmes rādītāji mēdz atšķirties atkarībā no pacienta, tāpēc ārstiem ir grūti garantēt ilgtermiņa atvieglojumus. Tomēr ārstēšana padarīs vēzi vieglāk vadāmu un parasti samazina čūlu attīstības ātrumu.