Sāpju pārvarēšana pēc sakņu kanāla var būt sarežģīta; tomēr sāpju kontroli var panākt, lietojot bezrecepšu pretsāpju līdzekli. Pretsāpju līdzekļi, kas var palīdzēt, ietver pretiekaisuma līdzekļus, piemēram, naproksēna nātrija tabletes, ibuprofēnu vai acetaminofēnu. Šie preparāti arī palīdz mazināt pietūkumu, kas bieži pavada sakņu kanālu. Ārkārtīgu sāpju gadījumos zobārsts var izrakstīt spēcīgākus pretsāpju medikamentus.
Ledus iepakojuma uzklāšana uz sejas sāniem var palīdzēt mazināt sāpes arī pēc sakņu kanāla. Ledus radītais aukstums var arī palīdzēt mazināt pietūkumu, taču ledu nedrīkst likt tieši pret kailu ādu, jo pastāv apsaldējumu risks. Lai gan daži var meklēt atvieglojumu, uzliekot žoklim apsildes spilventiņu, tas nav ieteicams. Siltums var izraisīt audu uzbriest un dažreiz pastiprināt sāpes. Turklāt sildīšanas paliktņa uzlikšana skartajai zonai var pat veicināt asiņošanu.
Acetaminofēnu var lietot arī pēc sakņu kanāla. Šīs pretsāpju zāles bieži dod priekšroku cilvēkiem, kuri nevar lietot pretiekaisuma zāles kuņģa kairinājuma dēļ. Turklāt acetaminofēns parasti ir izvēlētais pretsāpju līdzeklis cilvēkiem, kuri lieto asins šķidrinātājus. Ibuprofēns vai citi pretiekaisuma līdzekļi var pastiprināt asins šķidrinātāju vai antikoagulantu iedarbību un izraisīt smagu vai patoloģisku asiņošanu.
Ja sāpes pēc sakņu kanāla kļūst stipras vai nepanesamas, zobārsts var ieteikt recepšu medikamentus. Visbiežāk tas notiek, ja bezrecepšu medikamenti nepalīdz mazināt sāpes. Dažu veidu recepšu pretsāpju līdzekļi sakņu kanālam satur kodeīnu, un, lai gan šīs zāles ir ļoti efektīvas pret sāpēm, tām var būt bīstamas blakusparādības. Recepšu sāpju medikamentu blakusparādības var būt izteikta miegainība, reibonis, aizcietējums un apjukums.
Kodeīnu saturošus recepšu medikamentus drīkst lietot tikai tad, ja sāpes nevar tikt novērstas ar citiem līdzekļiem. Turklāt, ja rodas blakusparādības, nekavējoties jāinformē zobārsts, lai viņš varētu ieteikt alternatīvu ārstēšanu. Zāles, kuru pamatā ir kodeīns, ir narkotiskas, un, ja tās tiek lietotas pārmērīgi vai ilgstoši, tās var izraisīt atkarību.
Ja sāpes pēc sakņu kanāla saglabājas, pacientam jāinformē zobārsts, jo viņam var būt infekcija. Zobu infekcija var izraisīt stipras sāpes, un, ja tā notiek, var būt nepieciešams izrakstīt antibiotikas. Pēc antibiotiku terapijas sākšanas pacients var pamanīt, ka viņa sāpes ir ievērojami samazinājušās. Lai gan sāpju mazināšanu var pamanīt jau pēc vienas ārstēšanas dienas, visas antibiotikas ir jāizlieto, lai pārliecinātos, ka infekcija un sāpes neatgriežas.