Saules sistēma veidojās no kondensēta reģiona vietējā putekļu mākonī. Tuvumā notikušie supernovu sprādzieni izjauca putekļu mākoņa līdzsvaru pirms vairāk nekā pieciem miljardiem gadu, radot blīvuma tīrradni, kura centrā veidojās mūsu Saule. Šos mākoņus šodien varam novērot citos galaktikas reģionos — tos sauc par Bok globulām. Tā kā tie ir salīdzinoši blīvi putekļu mākoņi, Boka globules bloķē gaismu no objektiem, kas atrodas tajos un aiz tiem, un ir tumšo miglāju apakškategorija. Tas padara neiespējamu tieši novērot jaunu zvaigžņu veidošanos, lai gan astrofiziķu simulācijas sniedz mums labu priekšstatu par to, kā tas darbojas.
Sākotnēji kā neregulārs mākonis, tiklīdz tika izveidots smaguma centrs, daudzas putekļu daļiņas mākonī, kas veidoja agrīno Saules sistēmu, būtu sākušas pārvietoties uz regulārākām orbītām, riņķojot ap jaundzimušo zvaigzni kā protoplanetāru disku. Mākonī lieli akmeņu gabali kondensējās planētās, kas sāka slaucīt savas orbītas no materiāla, integrējot to sevī. Jupiters, būdams vismasīvākā no planētām, iespējams, veica lielu slaucīšanu. Daudzi astronomi uzskata, ka Jupiters, iespējams, ir padarījis dzīvību uz Zemes iespējamu, absorbējot lielu daļu mūsu Saules sistēmas klaiņojošo akmeņu, tādējādi neļaujot tiem ietekmēt citas planētas, piemēram, mūsu planētas.
Pēc desmitiem vai simtiem miljonu gadu lielāko daļu Saules sistēmas gružu planētas vai nu aizvāca, vai arī pārvietoja uz stabilām orbītām, kas rezonē ar planētu orbītām. Tāpēc lielākā daļa asteroīdu un kosmosa atlūzu ir lokalizēti salīdzinoši precīzās joslās, piemēram, galvenajā asteroīdu joslā starp Marsu un Jupiteru un Kuipera joslā aiz Neptūna orbītas.
Astronomi uzskata, ka lielākā daļa Saules sistēmu veidojas gandrīz vienādi, lai gan masīvākām zvaigznēm stabilas orbītas atrodas tālāk. Daudzas zvaigznes ir arī bināro sistēmu dalībnieces, un tādā gadījumā pašas zvaigznes veic vairāk gružu slaucīšanas nekā to planētu pavadoņi. Pēdējos gados zinātnieki ir atklājuši simtiem ekstrasolāru planētu, un šķiet droši, ka tādas ir lielākajai daļai zvaigžņu. Visu laiku veidojas jaunas saules sistēmas, ko bieži katalizē supernovu sprādzieni, kas sē zvaigžņu mākoņus ar smagiem elementiem.