Gan fagots, gan oboja ir dubultniedru koka pūšaminstrumenti, taču tiem ir vairākas būtiskas atšķirības, kas tos atšķir vienu no otra. Dažas atšķirības, kas uzreiz redzamas, aplūkojot abus instrumentus, ir to izmērs, forma un iemutņa izvietojums. Fagotam un obojai ir arī dažādas skaņas, un fagots spēlē daudz zemākā reģistrā nekā oboja. Lai gan abu instrumentu studentu versijas bieži ir izgatavotas no izturīgas sveķu plastmasas, augstākas kvalitātes modeļi pieredzējušiem mūziķiem tiek izgatavoti no dažāda veida koka. Atslēgas sistēmas arī ļoti atšķiras starp abiem instrumentiem, kā arī veids, kā tās tiek turētas.
Skatoties blakus, uzreiz ir redzamas vairākas atšķirības starp fagotu un oboju. Katra instrumenta vispārējais izskats ir atšķirīgs. Fagots ir daudz lielāks par oboja, un tas ir izgatavots no aptuveni 7 līdz 8 pēdām (aptuveni 2.13 līdz 2.44 metriem) caurules, kas ir izliekta nevienmērīgā U formā. Īsākā, šaurākā puse ir vieta, kur āķveida iemutnis ir piestiprināts apmēram līdz pusei instrumenta garuma; otrs gals ir daudz platāks un sniedzas ārpus iemutņa. Oboja ir izgatavota no vienas taisnas caurules, kas apakšā izplešas zvana formā, un tai ir pievienots iemutnis un niedres augšpusē.
Gan fagots, gan oboja rada skaņu, kad mūziķis iepūš gaisu dubultajā niedrejā, izraisot vibrācijas, kas rezonē caurules iekšpusē. Katram instrumentam ir noteikta skaņa un diapazons. Fagots spēj spēlēt ļoti zemā reģistrā ar zemāko skaņu no koka pūšaminstrumentu grupas, izņemot lielāko kontrafagotu. Oboja spēj atskaņot augstākas notis un tās skanējums ir salīdzināts ar pīles skanējumu, ar ļoti skaidru toni, ko viegli atšķirt starp pārējiem orķestra instrumentiem. Abi instrumenti ir pazīstami ar savu izteiksmīgumu.
Abu instrumentu studentu versijas parasti ir izgatavotas no sveķu plastmasas, jo tās ir izturīgas. Kvalitatīvāku instrumentu parasti izvēlas pieredzējušāki mūziķi. Fagots un oboja parasti ir izgatavoti no dažāda veida koka. Fagots bieži ir izgatavots no kļavas, lai gan to var izgatavot no cita veida koksnes ar vidēju cietības līmeni. Oboja visbiežāk ir izgatavota no koka, kas pazīstams kā Āfrikas Blackwood jeb grenadilla.
Katram instrumentam ir atšķirīga atslēgas sistēma. Taustiņi tiek izmantoti kopā ar pirkstiem, lai aizsegtu caurumus instrumenta caurulēs, lai radītu noteiktas notis. Fagotam ir mazāk taustiņu, savukārt obojai ir salīdzinoši liels skaits ar aptuveni 45 sarežģītiem taustiņiem.
Arī fagots un oboja tiek turēti atšķirīgi. Tā izmēra dēļ fagots tiek turēts pie mūziķa sāniem, bieži vien ar papildu atbalstu, piemēram, krēslu vai kakla siksnu. Mūziķis parasti spēj noturēt oboju sava ķermeņa priekšā, jo tā ir daudz mazāka.