Atšķirība starp jūru un ezeru lielā mērā ir saistīta ar pastāvību. Jūra ir pastāvīgāka iezīme, savukārt ezers ir relatīvi īslaicīgs. Šis laika posms ir relatīvs, un tas ir jāizvērtē miljonu gadu skalā.
Ģeoloģiskā mērogā, kas ietver un mēra citus masīvus, lēnus notikumus, piemēram, ledus laikmetus un plākšņu maiņas, ezers ir īslaicīgs objekts. Ezera veidošanās var notikt dažādos veidos, sākot no ledāja kustībām līdz vulkāna iekšējai sabrukšanai. Laika gaitā iedobums Zemes virsmā piepildās ar ūdeni, tajā apmetas dzīvība un izveidojas vesela ekosistēma. Galu galā ezers tiks nosusināts, atdalīts no upes avotiem vai izžūs. Ezera dzīves cikls ir labi definēts, un tas savukārt atdala jūru no ezera.
No otras puses, jūra ir pastāvīgāka ūdenstilpe, kas parasti ir pievienota vienīgajai ūdenstilpei, kas ir lielāka: okeānam. Jūras krasta līnija var mainīties, bet ūdenstilpe paliek. Tā kā jūra ir savienota ar okeāniem, kas ir sālsūdens, lielākā daļa jūru ir arī sālsūdens. Tomēr tā nav atšķirība starp jūru un ezeru, jo ezeri biežāk ir saldūdens, bet var būt sāļi atkarībā no to avota un apkārtnes. Ģeoloģiskie pierādījumi liecina, ka ezera saldūdens vai sālsūdens stāvoklis var mainīties, tāpat kā Melnajā jūrā.
Atšķirība starp jūru un ezeru ne vienmēr ir bijusi tik skaidra, un līdz ar to daudzi ir nepareizi nosaukti. Faktiski lielākais ezers pasaulē ir apzīmēts kā jūra ar savu nosaukumu. Kaspijas jūra, kas atrodas uz ziemeļiem no Irānas un uz austrumiem no Turcijas, ir piekrastes ūdenstilpe, kas tiek uzskatīta par īslaicīgu, jo tā neizplūst okeānā un to nebaro. Tāpat kā daudzi ezeri, Kaspijas jūra ir neticami jutīga pret piesārņojumu un invazīvu sugu pievienošanos. Dažos gadījumos atšķirība starp jūru un ezeru ir vēl vairāk aizklāta ar tulkojumu; ne visi nosaukumi vai vārdi tiek labi pārtulkoti no vienas valodas citā, un tāpēc ūdenstilpes bieži tiek nepareizi nosauktas.
Ezera gultnes dibens parasti parāda tā veidošanās un augšanas vēsturi nogulumu slāņos. Ezera gultnes, kas ir izžuvušas, atstāj augu un dzīvnieku pēdas, kas tajās apdzīvoja, piesārņojumu, minerālvielas un organisko vielu līmeni, kas atspoguļo trauslo līdzsvaru, kāds pastāvēja to dzīves laikā. Lai gan jūras krasta līnija var mainīties, jūras dibens parasti vienmēr ir paslēpts.