Parasti metadona ietekmi uz zīdaiņiem klasificē atkarībā no tā, vai zāles ir lietotas īsu laiku vai arī tās ir hroniski lietotas. Īstermiņā metadons zīdaiņiem var izraisīt vairākas nopietnas veselības problēmas, piemēram, pazemināts asinsspiediens un sirdsdarbības ātrums. Savukārt ilgstoša metadona ļaunprātīga izmantošana biežāk ietekmē zīdaiņa svaru un izmēru. Daudzos gadījumos bērni, kas dzimuši mātei, kura ir ļaunprātīgi izmantojusi metadonu, pēc dzimšanas bieži cieš no metadona lietošanas pārtraukšanas. Tomēr pētījumi liecina, ka šos simptomus var novērst, barojot bērnu ar krūti.
Daudzos gadījumos metadona lietošana pat vienreiz var izraisīt ļoti nopietnas sekas nedzimušam bērnam. Metadona tūlītēja ietekme uz zīdaiņiem var būt ļoti zems asinsspiediens; ievērojami samazināts sirdsdarbības ātrums; sausums acīs, mutē un degunā; paaugstināts intrakraniālais spiediens; un citi līdzīgi simptomi. Vairumā gadījumu šīs metadona lietošanas blakusparādības zīdaiņiem var būt dzīvībai bīstamas, un tām nepieciešama tūlītēja medicīniska palīdzība. Turklāt sievietes, kuras metadonu lieto pat īsu laiku, šo narkotiku lietošanas dēļ var piedzīvot spontāno abortu.
Ilgtermiņā metadona lietošana zīdaiņiem var izraisīt tikpat nopietnus stāvokļus. Ilgstoša metadona lietošana var izraisīt zīdaiņa augšanas ātruma samazināšanos gan augumā, gan svarā. Turklāt zīdaiņiem, kas dzimuši mātēm ar ilgu metadona lietošanas vēsturi, galvas apkārtmērs bieži ir mazāks par normālu. Par laimi, šīs sekas izzūd, zīdainim novecojot un nobriedot bērnībā. Tomēr bērniem, kas dzimuši sievietēm, kuras ļaunprātīgi lieto metadonu, parasti ir ievērojami zemākas garīgās spējas nekā tiem, kas dzimuši mātēm, kuras nelieto narkotikas, un tie var iegūt zemākus rezultātus gan uzvedības, gan psiholoģiskajos testos.
Zīdaiņiem, kuri ir bijuši pakļauti lielam metadona daudzumam, arī parasti attīstās metadona abstinences sindroms, kas citādi pazīstams kā jaundzimušo opiātu abstinences sindroms. Tas ir stāvoklis, kas ietekmē vairākas ķermeņa sistēmas, tostarp elpošanas sistēmu un centrālo un veģetatīvo nervu sistēmu. Zīdaiņiem, kuri dzimuši ar šo stāvokli, ir paaugstināts zīdaiņu pēkšņas nāves sindroma jeb SIDS attīstības risks, salīdzinot ar citiem veselīgākiem zīdaiņiem. Tomēr pētījumi ir atklājuši, ka šī stāvokļa simptomus var atvieglot māte vai cits surogāts, barojot bērnu ar krūti. Tomēr daudzos gadījumos zīdīšana var būt sarežģīta vai pat neiespējama.