Tiek uzskatīts, ka pirmās piparkūkas ir izgatavojuši katoļu mūki Eiropā īpašiem svētkiem un svētkiem. Anglijā, Francijā un īpaši Vācijā bija zināms, ka ar šiem gardumiem ēda un svinēja. Latīņu valodā ingveru sauca par “zingebar”, senfranču valodā – par piparkūkām, bet viduslaiku Anglijā – par “piparkūkām”. “Lebkuchen” ir vācu vārds.
Līdz 15. gadsimtam “piparkūkas” apzīmēja tikai pašu konservētu ingveru. Tika konstatēts, ka ingveram piemīt konservējošas īpašības, un ap šo laiku to sāka izmantot kūkās un cepumos. Krusta karotāji, kas atgriezās Eiropā no Tuvajiem Austrumiem, atveda garšvielas, piemēram, ingveru, un katoļu mūki to veidoja kūkās un presēja veidnēs. Piparkūkas kļuva arī par iecienītu gardumu Eiropas gadatirgos un tika pievienotas gaļai, lai to saglabātu un palīdzētu noslēpt spēcīgo novecojušās gaļas smaku.
15. gadsimtā piparkūkas mājās necepa, bet drīzāk tās gatavoja valdības atzītas ģildes. Nirnbergā, Vācijā, atradās vispazīstamākā ģilde. Vācu ģilde bija slavena ar to, ka lebkuchen bija rūpīgi dekorēts ar zelta krāsu vai glazūru. Ģilde tika saukta par Lebkuchner, un tā tika izveidota 1643. gadā kā kvalitātes kontroles līdzeklis, kā arī veids, kā ierobežot konkurenci piparkūku gatavošanā.
Nirnbergas ģildes lebkuchen kvalitāte bija tik augsta, ka to pat izmantoja kā valūtu pilsētas nodokļu maksāšanai. Tā tika uzskatīta arī par dāvanu, kas ir valsts vadītāju un honorāru cienīga. Lebkuchen piparkūkas Nirnbergā pārdod arī šodien.
Piparkūkas, kas sagrieztas formās, īpaši sirdīs, un pārsietas ar lenti, kļuva par iecienītu cienastu, ko pārdod gadatirgos visā Eiropā. Populāras bija arī cilvēku un dzīvnieku figūras. Brāļu Grimmu pasaka Hansels un Grietiņa iedvesmoja vācu “hexenhaeusle” jeb raganu māju. Piparkūku māja “Lebkuchenhaeusle” tika izgatavota no lielām lebkuhena plāksnēm un dekorēta ar saldumiem.
Tiek uzskatīts, ka Amerikas Savienotajās Valstīs pirmās piparkūkas atnesa Šveices katoļu mūki, kuri 1854. gadā Indiānā nodibināja St Meinrad Archabbey. Mūki dāvāja piparkūkas slimajiem un cepa tās svētku svinībām. Cepumu un māju cepšana, lai atzīmētu Ziemassvētku brīvdienas, Amerikas Savienotajās Valstīs kļuva par tradīciju, kas ir populāra arī mūsdienās.
Amerikāņu maiznieki bieži saldina piparkūkas ar melasi, savukārt britu maiznieki var izmantot sīrupu un brūno cukuru. Vācieši parasti saldina lebkuchen ar medu, kas ir tradicionālais saldinātājs, ko izmanto ģilde Nirnbergā, apgabalā ar daudziem mežiem, kuros atrodas bišu stropi. Papildus ingveram kanēlis ir nākamā visizplatītākā piparkūkās izmantotā garšviela. Krustnagliņas, muskatrieksts, kardamons un dažreiz anīss ir citas garšvielas, kas parasti atrodamas daudzās receptēs.