Universitātes organizatoriskā struktūra attiecas uz hierarhiju, caur kuru tiek veikta pienākumu deleģēšana. Tas darbiniekiem un studentiem sniedz izpratni par to, kurš kuram atbild un pie kā vērsties, ja rodas problēma. Universitātes īpašā organizatoriskā struktūra var atšķirties atkarībā no iestādes, lai gan vairumā gadījumu izpildvaras līmenis ir organizācijas kāpņu augstākais pakāpiens. Šajā līmenī ietilpst koledžas vai universitātes prezidents, kā arī kanclers, ja tāds pastāv, un direktoru padome, ja tādi ir. Citi amati šajā līmenī ir kasieri un provosti, kā arī viceprezidents vai viceprezidenti.
Lai gan vairumā gadījumu koledžā vai universitātē ir tikai viens prezidents, universitātes organizatoriskajā struktūrā var būt vairāki viceprezidenti. Šie viceprezidenti var būt atbildīgi par dažādiem uzdevumiem mazākās universitātēs, savukārt daudz lielākās universitātēs viņi var nodarboties tikai ar vienu vai divām konkrētām koledžas funkciju jomām. Piemēram, studentu lietu viceprezidents galvenokārt nodarbojas ar studentu aktivitātēm, problēmām, sasniegumiem un budžeta problēmām. Finanšu viceprezidents nodarbosies tikai ar universitātes finansēm, un viņa vai viņas jurisdikcija var sasniegt visas universitātes nodaļas.
Akadēmiskie dekāni ir dažādu universitātes organizatoriskās struktūras katedru vadītāji. Piemēram, angļu valodas nodaļā būs dekāns, kurš būtībā pārvalda vai citādi pārrauga visas šīs nodaļas funkcijas. Dzīvības zinātņu dekāns vadīs konkrētu universitātes zinātņu nodaļu, un medicīnas dekāns pārraudzīs visas universitātes piedāvātās medicīnas programmas. Dekāns var ieņemt citus amatus universitātes struktūrā, lai gan dažās skolās tas nav izplatīts. Programmām var būt arī asociētie dekāni, kas atbild dekānam; šie cilvēki ir atbildīgi par palīdzību departamenta vadīšanā un jebkuru konkrētu jautājumu risināšanu, ar kuriem saskaras departaments.
Universitātes organizatoriskā struktūra var izvērsties no turienes, iekļaujot citas programmas, piemēram, sporta programmas, lauku apkopi, studentu pārvaldi, mājokļu departamentus un daudzas citas programmas. Konkrētā vieta šo amatu hierarhijā var atšķirties atkarībā no konkrētās universitātes prioritātēm. Daudzos gadījumos var notikt reorganizācija, lai mainītu struktūras prioritātes, lai līdzekļi tiktu pareizi piešķirti un darba stāža tiktu pienācīgi ņemta vērā. Organizatoriskā pārstrukturēšana var būt sarežģīta un saspringta visiem universitātes struktūras dalībniekiem, tāpēc bieži vien vislabāk ir atrast sistēmu, kas darbojas, un ievērot to.