Zobu pastas tiek lietotas jau 5000. gadu pirms mūsu ēras, un tai ir garāka vēsture nekā zobu birstēm. Daudzas senās civilizācijas zobu tīrīšanai izmantoja noteikta veida zobu pastu, lai gan to bieži izmantoja pulvera veidā, nevis kā pastas. Zobu pastas vēsture katrā valstī tomēr ir atšķirīga, un katrai kultūrai bija savas receptes un rituāli, kā uzturēt zobus tīrus. Ēģiptieši bija vieni no pirmajiem, kas izmantoja zobu pastu un bieži iekļāva tajā sastāvdaļas, piemēram, ogles un olu čaumalas, un dīvainas sastāvdaļas, piemēram, ziepes, dažās vietās bija izplatītas gadsimtiem ilgi. Daudzi eksperti uzskata, ka Indijas un Ķīnas kultūras arī sāka to izmantot 5. gadsimtā pirms mūsu ēras.
Ēģiptieši radīja savas agrīnās zobu pastas no dažādām sastāvdaļām. Dažās ēģiptiešu zobu pastas receptēs var būt iekļautas sadedzinātas olu čaumalas, pelni no vērša nagiem, mirres, pumeks un ūdens, kas sajaukti kopā. Tomēr pirms zobu birstes izgudrošanas tika izmantotas daudzas receptes, tāpēc ēģiptieši zobu pastas uzklāšanai izmantoja kociņu galus, ko bieži sauca par košļājamajām nūjām.
Zobu pastas agrīnajā vēsturē tika uzskatīts, ka senie grieķi un romieši deva priekšroku savām zobu pastas receptēm pievienot cietākus priekšmetus, lai izveidotu raupju, abrazīvu pastu, kas labi notīrītu. Tas tika panākts, sasmalcinot austeru čaumalas un kaulus. Romiešu zobu pastas receptēm tika pievienotas arī ogles un miza, kā arī aromatizētāji, lai atsvaidzinātu elpu.
Ķīniešiem bija arī dažādas zobu pastas receptes, un viņi bieži izmantoja garšaugus un sāli, lai iztīrītu zobus. Lai atsvaidzinātu elpu, ķīnieši košļāja smaržīgas kociņas no kokiem. Daudzi zobu pastas vēstures eksperti uzskata, ka ķīnieši arī izgudroja pirmo zobu suku 15. gadsimtā pirms mūsu ēras.
No 1800. gadiem līdz 1945. gadam daudzās zobu pastas receptēs bija ziepes, kas nodrošināja vienmērīgāku tekstūru. Tomēr pēc 1945. gada šim nolūkam tika izmantotas tādas sastāvdaļas kā nātrija laurilsulfāts. Pastas tekstūra ar izlīdzinošajām sastāvdaļām bija līdzīga mūsdienās izmantotajām zobu pastām. Krīts bija arī izplatīta zobu pastas sastāvdaļa 1800. gadu vidū, un beteles rieksts tika regulāri iekļauts Anglijā lietotajās zobu pastas receptēs.
Vēlākajā zobu pastas vēsturē produkts turpināja attīstīties. Tika izveidotas uzlabotas balināšanas formulas un, piemēram, tika pievienots fluors. Tika konstatēts, ka fluors novērš zobu bojāšanos, un tika izmantotas balināšanas formulas, lai novērstu zobu emaljas dzeltēšanu. Speciālās zobu pastas arī kļuva par izplatītām, tostarp formulas tiem, kuriem ir temperatūras jutīgi zobi, jutīgas smaganas un sausa mute.