Aknu cistas ārstēšana parasti ir atkarīga no cistas veida, tās atrašanās vietas un no tā, vai tā rada problēmas ar pacienta veselību. Ja aknu cista ir labdabīga un tai nav ievērojamas ietekmes uz pacienta veselību, ārstēšana var nebūt nepieciešama. Tomēr citos gadījumos veselības ietekmes vai lieluma dēļ var būt nepieciešama ārstēšana, un ārsti kā ārstēšanu var izmantot antibiotikas, drenāžu vai operāciju. Dažos gadījumos ārsti var pat ārstēt aknu cistu, ārstējot pamatslimību, kas to izraisījusi.
Viens veids, kā ārstēt aknu cistu, ir antibiotiku lietošana. Ja cista ir izveidojusies bakteriālas infekcijas dēļ, var izrādīties noderīga atbilstošas antibiotikas lietošana konkrētam bakteriālas infekcijas veidam. Laiks, kurā pacientam būs jālieto antibiotika, lai ārstētu aknu cistu, parasti ir atkarīgs no infekcijas veida un tās smaguma pakāpes. Dažos gadījumos personai var būt nepieciešams lietot antibiotikas mēnesi vai ilgāk. Tomēr citos gadījumos var pietikt ar vairāku dienu antibiotiku lietošanu.
Drenāžu dažreiz izmanto arī vienkāršu ar šķidrumu pildītu cistu ārstēšanai. Piemēram, ārsti var izmantot drenāžu, lai mazinātu spiedienu, ko izraisa cista. Tomēr drenāža ne vienmēr ir labākā iespēja šāda veida cistu ārstēšanai, jo tā var neizārstēt stāvokli, kas izraisīja tās attīstību. Tā vietā pacientam laika gaitā var veidoties jaunas aknu cistas.
Operācija ir vēl viena iespējama aknu cistu ārstēšana. To visbiežāk lieto, ja cistas ir ļoti lielas, rada pārāk lielu spiedienu vai veicina citas veselības problēmas. To var lietot arī tad, ja cistas nav labi reaģējušas uz cita veida ārstēšanu. Interesanti, ka ne visas aknu cistas tiek ārstētas ar atklātu operāciju; daži tiek ārstēti ar laparoskopisku ķirurģiju, kas ietver tikai nelielu iegriezumu, caur kuru tiek noņemta cista. Izmantotās operācijas veids parasti ir atkarīgs no cistas lieluma un aknu daļas, kurā tā atrodas.
Dažreiz aknu cistas ārstēšana ietver rūpes par saistītu stāvokli, kas ir veicinājis tās attīstību. Piemēram, ārsti var izrakstīt zāles pamatslimības ārstēšanai, un šī ārstēšana var arī palīdzēt ārstēt cistu. Tomēr dažreiz aknu cistu ārstēšana var būt tikpat vienkārša kā uztura izmaiņas.