Pastāv dažas atšķirības starp salikto un sadalošo mikroskopu. Lai gan katrs no šiem rīkiem tiek izmantots, lai palielinātu objektu, kas novietots uz mikroskopa skatuves, palielinājuma apjoms, ko var sasniegt, ievērojami atšķiras starp šīm divām ierīcēm. Tie ir arī konstruēti dažādos veidos, galvenokārt attiecībā uz objektīva lēcām un acu daļām.
Viena no galvenajām atšķirībām starp savienojumu un sadalošo mikroskopu ir palielinājums, ko var panākt, izmantojot katru no šiem instrumentiem. Saliktie mikroskopi parasti spēj palielināt objektu 400 reižu, lai gan nav nekas neparasts, ka var atrast salikto mikroskopu, kas var palielināt objektu 1,000 reižu. No otras puses, sadalīšanas mikroskopi parasti palielina objektu tikai 40 reizes vai mazāk.
Šo palielinājuma jaudas atšķirību iemesli arī atšķir vienu no otra salikto un sadalošo mikroskopu. Saliktos mikroskopus parasti izmanto, lai apskatītu ļoti mazas, salīdzinoši plānas lietas, piemēram, šūnas. Preparēšanas mikroskopus izmanto, lai aplūkotu lielākus objektus, kuriem ir lielāka dziļuma pakāpe, piemēram, ziedputekšņu graudus. Kā norāda to nosaukums, sadalošos mikroskopus parasti izmanto arī mazu dzīvības formu, piemēram, kukaiņu, sadalīšanai.
Saliktajos un sadalošajos mikroskopos tiek izmantotas arī dažādas lēcas. Preces mikroskopiem bieži ir tikai viena objektīva lēca, kas ļauj palielināt objektu noteiktā palielinājuma diapazonā, piemēram, 10 līdz 30 vai 20 līdz 40 reizes. Saliktajam mikroskopam ir trīs objektīva lēcas: viena, kas ļauj redzēt objektu aptuveni tādā pašā palielinājumā kā sadalīšanas mikroskopā, viena, kas palielina ar maksimālo jaudu, bieži 400 reižu, un viena pa vidu. Arī saliktā mikroskopa objekti ir daudz tuvāk skatuvei nekā sadalīšanas mikroskopā. Papildu telpa starp skatuvi un objektīvu uz preparēšanas mikroskopiem sniedz skatītājam iespēju manipulēt ar objektu, to pētot.
Vēl viena atšķirība starp salikto un sadalošo mikroskopu ir tā, ka sadalošais mikroskops vienmēr tiek izgatavots ar divām acu daļām, lai skatītājs varētu aplūkot objektu ar abām acīm. Tas ļauj aplūkot objektu trīs dimensijās. Savukārt saliktos mikroskopus bieži izgatavo tikai ar vienu okulāru. Lai gan ir salikti mikroskopi ar diviem okulāriem, tie ļauj skatītājam redzēt tikai plānu objekta daļu, pat ja tā ir trīsdimensiju, tāpēc parasti pietiek ar vienu okulāru.