Vīriešu un sieviešu reproduktīvās sistēmas ir attīstījušās dažādām specialitātēm, bet vienam un tam pašam mērķim: radīt bērnus. Visa sievietes reproduktīvā sistēma atrodas ķermeņa iekšienē, turpretim liela daļa vīrieša atrodas ārpus ķermeņa. Funkcionālā atšķirība starp abām sistēmām ir tāda, ka sievietes sistēma ir paredzēta mazuļa audzināšanai, kamēr tas pietiekami aug, lai izdzīvotu pasaulē, un vīrieša sistēma ir spermas piegādes sistēma. Sistēmu atsevišķi komponenti arī atšķiras.
Sieviešu reproduktīvā sistēma ir pilnībā iekšēja, ar izejas un ieejas punktiem maksts. Viena no pamanāmākajām atšķirībām starp vīriešiem un sievietēm ir vīriešu dzimumorgāni ķermeņa ārpusē. Zemāka ārējās vides temperatūra palīdz saglabāt spermas veselību un novērst ķermeņa iekšienē esošā siltuma līmeņa radītos bojājumus.
Sievietei ir atsevišķas atveres urīnam un menstruācijām un dzimumaktam, savukārt vīrietim ir tikai viena atvere urīna un spermas izvadīšanai. Lai gan maksts ārējās daļas dzimumakta laikā mēdz piesātināt ar asinīm, vīrieša dzimumlocekļa palielināšanās ir daudz acīmredzamāka. Tas viņam ļauj funkcionālu iemeslu dēļ izmantot savu dzimumlocekli un ievietot to makstī.
Gan vīriešu, gan sieviešu reproduktīvā sistēma ražo hormonus, taču hormoni atšķiras. Sievietes ražo augstāku sieviešu hormonu, piemēram, estrogēna, līmeni, un, piemēram, vīriešiem ir vairāk testosterona. Šie hormoni rada plašu ietekmi uz ķermeni, piemēram, sekundāro seksuālo īpašību attīstību, piemēram, krūtis vai platus plecus. Abas reproduktīvās sistēmas pubertātes laikā sāk ražot arvien vairāk hormonu.
Sievietēm dzimšanas brīdī olnīcas jau ir uzglabātas, un olšūnas tiek atbrīvotas katru mēnesi. Savukārt vīrieši regulāri ražo jaunas spermas. Sieviešu reproduktīvajai sistēmai ir nepieciešams ikmēneša periods, lai atjaunotu dzemdes gļotādu, savukārt vīrieša sistēmai nav nepieciešama regulāra apkope tādā pašā veidā.
Strukturāli sievietes reproduktīvā sistēma ir nedzimušā bērna turēšanas un kopšanas zona. Turklāt tā ir telpa, kurā sievietes olšūnas var sajaukties ar vīrieša spermu, lai radītu jaunu cilvēku, kas ļauj sievietei nodot dažus savus gēnus nākamajai paaudzei, bet vīrietim darīt to pašu. Vīriešu reproduktīvā sistēma nesatur nekādu bioloģisku aprīkojumu, kas varētu atbalstīt jaunu bērnu. Tā vietā tā ir spermas ražošanas un piegādes sistēma.