Muskuļu sistēmas traucējumu ārstēšana ir atkarīga no tādiem faktoriem kā traucējumu veids, specifiski simptomi un pacienta vispārējā veselība. Šo traucējumu ārstēšanai bieži izmanto bezrecepšu un recepšu medikamentus. Muskuļu sistēmas traucējumu ārstēšanai parasti izmanto arī fizikālo terapiju, uztura bagātinātājus un vingrošanu. Atbalsta ierīces, piemēram, staigulīši, spieķi vai ratiņkrēsli, dažkārt var būt noderīgi tiem, kam ir muskuļu darbības traucējumi. Jebkuri konkrēti jautājumi vai bažas par dažāda veida šo traucējumu ārstēšanas iespējām ir jāapspriež ar ārstu vai citu medicīnas speciālistu.
Medikamentus bieži izmanto kā pirmo ārstēšanas līniju cilvēkiem ar muskuļu sistēmas traucējumiem. Patiesībā cilvēki, kuriem ir salīdzinoši viegli simptomi, pirms konsultēšanās ar ārstu, lai noskaidrotu diagnozi, var mēģināt pašārstēties ar bezrecepšu zālēm vai augu piedevām. Pēc diagnozes noteikšanas uzraugošais ārsts var izrakstīt spēcīgākus pretsāpju medikamentus, ja bezrecepšu preparāti nav nodrošinājuši pietiekamu sāpju mazināšanu. Papildu medikamenti, ko var lietot, ir steroīdi, muskuļu relaksanti un pretkrampju līdzekļi.
Fizikālā terapija ir svarīga daļa no daudzām ārstēšanas programmām tiem, kam ir muskuļu sistēmas traucējumi. Terapeits var palīdzēt pacientam veikt drošus vingrinājumus, kas uzturēs muskuļus aktīvus un neļaus tiem zaudēt. Daudzus no šiem vingrinājumiem var veikt mājās, lai gan pirms jauna vingrojumu plāna uzsākšanas vislabāk ir konsultēties ar ārstu. Ūdens aerobika parasti tiek uzskatīta par ērtāko un izdevīgāko vingrinājumu veidu tiem, kam ir novājināti muskuļi.
Uztura terapiju var izmantot kā ārstēšanas iespēju dažiem traucējumiem. Daudziem pacientiem, kuriem ir problēmas ar muskuļiem, simptomi uzlabojas, pievienojot diētai papildu proteīnu. Tie, kuriem ir noteiktas veselības problēmas, piemēram, nieru slimības, var nespēt droši pievienot uzturā olbaltumvielas, tāpēc vispirms jākonsultējas ar ārstu. Vienkāršas asins analīzes var noteikt, vai ir kādi specifiski uztura trūkumi, un ārsts var ieteikt vai izrakstīt uztura bagātinātājus.
Atbalsta mobilitātes ierīces var palīdzēt pacientiem ar novājinošiem muskuļu sistēmas traucējumiem palikt vismaz daļēji neatkarīgiem ilgāku laiku. Lai gan dažiem cilvēkiem šīs ierīces var būt jāizmanto tikai reizēm, citiem tās var būt nepieciešamas pastāvīgi. Ārsts var palīdzēt katram pacientam izlemt par vispiemērotāko ārstēšanas metožu kombināciju konkrētā situācijā.