Bonsai laistīšana ir smalka māksla. Diemžēl pundurkociņu laistīšanai nav drošas metodes, ko pēc formulas varētu ievērot veseliem augiem. Katrs pundurkociņš ir atšķirīgs, ar unikālām vajadzībām, kas var atšķirties atkarībā no koka, gada laika, stādīšanas vides un paša poda. Var būt nepieciešami izmēģinājumi un kļūdas, lai uzzinātu par konkrēta pundurkociņa vēlmēm, un daudzi eksperti stāsta par bēdām par pundurkociņiem, kurus viņi nejauši nogalināja, kad viņi tikai sāka darbu.
Pirmā lieta, kas jāņem vērā, laistot pundurkociņu, ir norādītās koka vajadzības pēc ūdens. Daži koki, piemēram, dod priekšroku sausiem apstākļiem, savukārt citiem var patikt mitra augsne vai arī palikt mitri ar mitrumu, ar salīdzinoši sausu augsni. Podā šīs vajadzības kļūst īpaši sarežģītas, jo dabā koks var kontrolēt ūdens uzņemšanu, attiecīgi izplatot savas saknes un pielāgojoties videi. Bonsai podā koks ir kultivatora žēlastībā, kas nozīmē, ka cilvēkiem ir jābūt uzmanīgiem, laistot pundurkociņu.
Parasti pundurkociņš laistīts vienmēr, kad koks ir nožuvis. Daudzi cilvēki var noteikt, vai pundurkociņš ir izžuvis vai nē, tikai skatoties uz to, jo mainīsies augsnes krāsa un tekstūra. Dārznieki dažkārt var pateikt arī, paceļot podu un taustot, vai mainās svars; personām ar mazāku pieredzi, pirkstu var iedurt augsnē, lai noteiktu, vai augšējā daļa ir sausa. Bonsai izžūs dažādos ātrumos atkarībā no relatīvā mitruma un temperatūras, tāpēc cilvēkiem nevajadzētu paļauties uz laistīšanu pēc grafika.
Ja augs ir nožuvis, to vajadzētu laistīt no rīta. Ir dažādi ieteikumi par laistīšanas metodi. Daži cilvēki iesaka pundurkociņu laistīšanu veikt divu ciklu sistēmā. Pirmajā kārtā ar lejkannu var apliet ar ūdeni katlā, līdz sāk sūkties drenāžas caurumi. Pēc tam augam jāļauj atpūsties 15 līdz 20 minūtes pirms otrā laistīšanas cikla. Citi iesaka pundurkociņu laistīt trīs reizes: “vienu reizi podam, vienreiz augsnei un vienreiz kokam”. Cilvēkiem ir jāņem vērā, kā konkrētais pundurkociņš pielāgojas laistīšanas praksei, un attiecīgi jāveic pielāgojumi. Dažiem augiem, piemēram, patīk laistīšana divas reizes dienā, savukārt citi var iztikt bez ūdens nedēļu vai ilgāk.
Laistot pundurkociņš, ir svarīgi izvairīties no ūdens nokļūšanas uz lapām un ziediem, jo tas var izraisīt bojājumus, ja tas notiek regulāri. Tomēr augi periodiski novērtē, ka tie tiek migloti vai maigi izsmidzināti, lai noņemtu putekļus no lapām.
Ja pundurkociņš nesaņem pietiekami daudz ūdens, tiem ir tendence attīstīties novītušas un dzeltēt lapas, un ziedēšana un lapu izkrišana var tikt nomākta. Koki, kas saņem pārāk daudz ūdens, var noslīdēt, dzelteni vai brūni, un, ja tiek ļauts sakņu puvei, tie var sākt slīdēt malā. Bonsai kopšanu var sarežģīt arī poda pārvietošana vai pārstādīšana; abi šie notikumi var šokēt koku un izraisīt tā reakciju, nokrītot lapas vai dzeltējot.