Metadona vissvarīgākā ilgtermiņa ietekme parasti ir samazināta tieksme pēc tādām zālēm kā heroīns un morfīns. Tomēr diemžēl daži metadona ilgtermiņa efekti ir daudz mazāk patīkami. Piemēram, ilgstoši lietojot šīs zāles, cilvēkam var rasties elpošanas problēmas, piemēram, nepietiekama elpošana. Tāpat daži cilvēki piedzīvo seksuālās izmaiņas un hormonālo nelīdzsvarotību, kas ir saistītas ar metadona lietošanu. Atkarība ir arī viena no metadona lietošanas ilgtermiņa sekām, un cilvēkiem var rasties abstinences simptomi, kad viņi pārtrauc metadona lietošanu.
Viena no metadona ilgtermiņa sekām ir tā spēja palīdzēt cilvēkiem cīnīties ar narkotiku pievienošanu. Šīs zāles bieži lieto, lai palīdzētu cilvēkiem pārvarēt tieksmi pēc citām narkotikām, kas tiek klasificētas kā opiāti, kas ir no opija iegūtas narkotikas. Lai šis efekts būtu veiksmīgs, ārsts parasti izraksta pakāpeniski pieaugošu metadona devu un rūpīgi uzrauga pacienta reakciju uz to, un galu galā deva tiek stabilizēta. Šo metodi, pakāpeniski ievadot lielākas metadona devas, izmanto, lai novērstu vai samazinātu zāļu blakusparādības. Piemēram, šis pakāpeniskais palielinājums var palīdzēt samazināt iespējamību, ka zālēm būs nomierinoša iedarbība uz pacientu; izraisīt sliktu dūšu, vemšanu vai aizcietējumus; vai ietekmēt pacienta smadzeņu darbību.
Lielākajai daļai cilvēku, kuri lieto metadonu, nav nopietnu veselības problēmu. Tomēr dažos gadījumos persona, kas lieto šīs zāles ilgu laiku, saskarsies ar problēmām, kas saistītas ar elpošanas sistēmu. Dažiem pacientiem šīs zāles var izraisīt arī hormonālas izmaiņas. Piemēram, dažreiz tas ir saistīts ar hormona testosterona ražošanas samazināšanos. Dažām sievietēm, kuras to lieto, var būt arī izmainīts menstruālais cikls.
Dažiem cilvēkiem metadona ilgtermiņa ietekme ir saistīta ar seksuālo funkciju. Dažiem cilvēkiem var būt ievērojami samazināta vēlme pēc seksa, kad viņi to lieto. Citiem var rasties fiziskas problēmas, kas neļauj baudīt apmierinošu dzimumaktu. Piemēram, vīrietis var kļūt impotents metadona terapijas rezultātā. Tomēr šādas problēmas neskar katru personu, kas lieto šīs zāles, un šādas blakusparādības var būt atkarīgas no konkrētās personas devas.
Atkarība ir arī viena no metadona lietošanas ilgtermiņa sekām. Lai gan metadons tiek izmantots, lai mazinātu atkarīgo tieksmi pēc citām narkotikām, tas arī izraisa atkarību. Ja cilvēks mēģina pārtraukt metadona lietošanu pēc ilgstošas lietošanas, viņam, visticamāk, būs abstinences simptomi. Starp šiem simptomiem ir slikta dūša un vemšana, drebuļi, tieksme pēc narkotikām un muskuļu krampji.
Personai var būt arī pārmērīga svīšana un drebuļi kā metadona atcelšanas simptoms. Lai gan šie simptomi ir nepatīkami, tie mēdz būt mazāk izteikti nekā tie, kas var rasties, pārtraucot lietot narkotikas, piemēram, heroīnu. Turklāt pacienta pakāpeniska atradināšana no metadona var palīdzēt samazināt abstinences blakusparādības.