Visbiežāk sastopamās finanšu grāmatvedības problēmas reti ir grūti izvairīties, taču tās ir grūti pārvarēt, kad tās ir izveidotas. Neatbilstoša uzskaite, krāpnieciska uzskaite un nepārraudzīta naudas plūsmas pārvaldība var izraisīt uzņēmuma sabrukumu. Gan neatbilstoša uzskaite, gan krāpnieciska uzskaite padara uzņēmuma ierakstus ārkārtīgi neuzticamus, un visu kļūdu atrašana un labošana var būt laikietilpīga un dārga. Ierobežota naudas plūsma vai tās neesamība, kas pazīstama arī kā apgrozāmais kapitāls, var izraisīt arī nopietnas sekas, no kurām vislabāk izvairīties. Pat lielus uzņēmumus var sabojāt ar nepareizu finanšu uzskaiti, un tas patiešām ir noticis pagātnē.
Viena no visbiežāk sastopamajām finanšu grāmatvedības problēmām ir nepareiza uzskaite. Bez pilnīgas ienākumu un iztērētās naudas uzskaites finanšu pārskats labākajā gadījumā ir neuzticams. Šī, iespējams, ir visizplatītākā kļūda, ko pieļauj mazais uzņēmums. Neatbilstoša vai nepilnīga uzskaite par naudas ienākšanu un izņemšanu var izraisīt kļūdas ienākuma nodoklī un bargus valdības sodus, ko parasti piemēro vairākus gadus pēc fakta. Lielākā daļa uzņēmumu var gūt labumu, regulāri pārbaudot to uzskaiti neatkarīgam revidentam, kas ir grāmatvedis, kas nav saistīts ar uzņēmumu un var nodrošināt pareizu uzskaiti.
Uzņēmums, kas neievēro savu uzskaiti, var vieglāk kļūt par krāpniecisku finanšu grāmatvedības problēmu upuri. Šo problēmu var radīt darbinieks, kurš ziņo par viltus pārdošanu, lai paņemtu tādas preces kā dāvanu kartes. Bieži ziņojumi par viltus pārdošanu liek domāt, ka bizness aug, lai gan tas faktiski zaudē naudu. Darbinieki spēj apdraudēt uzņēmumu arī citos finansiālos veidos, taču laba lietvedība samazina problēmas līdz minimumam, un zagli var notvert ātrāk.
Citas finanšu grāmatvedības problēmas ietver sliktu naudas plūsmas pārvaldību un analīzi. Lai gan naudas plūsmas definīcija atšķiras, tā parasti attiecas uz skaidras naudas pārvietošanu uz uzņēmumu vai no tā. Dažreiz bizness neizdodas tikai negatīvas naudas plūsmas dēļ. Iespējams, ka bizness ilgtermiņā būtu bijis rentabls, taču tas nevarētu segt tūlītējus izdevumus, piemēram, darbinieku algas, nepieciešamo aprīkojumu un valsts nodokļus. Stingra naudas plūsmas uzraudzība ir ļoti svarīga gan jaunu, gan vecu uzņēmumu attīstībai.
Var rasties daudzas finanšu grāmatvedības problēmas, dažas retāk nekā citas. Neatkarīgs auditors var nodrošināt citu skatījumu, lai nodrošinātu, ka uzņēmuma finansiālajā pusē viss ir kārtībā. Šos speciālistus regulāri izmanto, lai izvairītos no lielām un mazām katastrofām.