Runas atpazīšanas programmatūra kopš tās pirmās izgudrošanas ir ievērojami attīstījusies, taču tai joprojām ir vairākas lielas problēmas, kuru dēļ to nevar izmantot tikai kā transkripcijas metodi. Dažas no runas atpazīšanas problēmām, kuras ir grūti atrisināt, ietver vārdu izrunas atšķirības, atsevišķus akcentus, homonīmus un nevēlamus apkārtējās vides trokšņus. Vēl viena runas atpazīšanas problēmu kopa ir saistīta ar aparatūras veidu, ko izmanto, lai faktiski ievadītu skaņu, jo rezultātiem var būt liela ietekme uz to, kā programmatūra interpretēs runu. Pastāv arī problēma, kas saistīta ar izrunāto vārdu konteksta nezināšanu, kas var novest pie teksta, kam nav pieturzīmju vai neprecīzas pareizrakstības.
Viena no pamata runas atpazīšanas problēmām ir izmantoto ievades ierīču kvalitāte. Ja mikrofons nav pietiekami jutīgs vai ir pārāk jutīgs, tas var radīt audio informāciju, kuru programmatūrai ir grūti atšifrēt. Tas jo īpaši attiecas uz gadījumiem, kad mikrofons ir tik jutīgs, ka runa ir izkropļota, padarot atpazīšanas programmatūru gandrīz nederīgu. Līdzīgu problēmu rada fona troksnis, kura atdalīšana no galvenās runas var būt problemātiska un var izraisīt neprecīzus tulkojumus, ja tie tiek iekļauti runas apstrādē.
Izrunas, akcentu un runas ritma atšķirības kopā veido vienu no izplatītākajām runas atpazīšanas problēmām. Ja vienu vārdu var izrunāt vairākos veidos, programmatūra var apjukt un nepareizi interpretēt teikto. Tas pats var notikt, ja cilvēks runā lēnāk vai ātrāk, nekā paredz programma. Ir daži daļēji risinājumi, piemēram, programmatūras apmācīšana viena lietotāja runas modeļos un dinamisku laika deformācijas algoritmu izmantošana, lai saskaņotu runu ar paraugu datu bāzi, taču tie neatrisina visas problēmas.
Sarežģītākā no runas atpazīšanas problēmām ir runāto vārdu konteksta noteikšana. Datorprogrammatūra nespēj noteikt vārdu krājuma paredzēto nozīmi, kā rezultātā rodas vairākas problēmas ar pārrakstīto tekstu. Vārdus, kuriem ir līdzīga skaņa, piemēram, “viņu” un “tur”, var precīzi uzrakstīt tikai tad, ja ir zināms lietojuma konteksts. Šī paša iemesla dēļ programmatūrai ir gandrīz neiespējami ievietot precīzu pieturzīmi, pamatojoties tikai uz vārdu secības pārzināšanu. Ir funkcionāla transkripcijas programmatūra, ko izmanto tādās jomās kā medicīna, taču rezultāts bieži vien ir vārdu bloks bez jebkāda veida atdalīšanas, kas nozīmē, ka dokumenta rediģēšanai un lasāmas galīgās kopijas izveidei joprojām ir nepieciešams transkripcijas speciālists.