Pēc vazektomijas daži vīrieši ziņo par izplatītām problēmām, piemēram, zilumiem griezuma vietā, pietūkumu un nelielu diskomfortu. Šīs vazektomijas problēmas ir sagaidāmas, un parasti tās ilgst tikai dažas dienas. Dažos gadījumos var rasties nopietnākas komplikācijas, tostarp pēcoperācijas infekcija.
Gandrīz katrs pacients dažu dienu vai nedēļas laikā pēc procedūras saskarsies ar dažām vazektomijas problēmām, tostarp zilumiem un sēklinieku pietūkumu, kā arī sāpēm un diskomfortu. Parasti ārsts izraksta perorālus pretsāpju līdzekļus un, iespējams, pretiekaisuma medikamentus, lai atvieglotu šos simptomus. Daudzi pacienti uzskata, ka ir lietderīgi uz īsu laiku uzklāt uz vietas ledus maisiņu, lai ierobežotu asinsriti un mazinātu sāpes. Pēc vazektomijas pacientiem parasti tiek dots norādījums nekavējoties informēt ārstu, ja parādās nopietnākas vazektomijas komplikācijas, piemēram, drudzis vai sēklinieku veidošanās.
Ir arī citas nopietnākas vazektomijas problēmas, kas var izpausties pēc operācijas, piemēram, drudzis, infekcija un stāvoklis, kas pazīstams kā spermas granulomas, kas attiecas uz spermas rezerves sēkliniekos. Ja rodas kāds no šiem stāvokļiem, pacientam ir svarīgi pēc iespējas ātrāk meklēt medicīnisku palīdzību pie ārsta. Drudzi visbiežāk var ārstēt mājās ar bezrecepšu medikamentiem un atpūtu, taču, ja ir infekcija, ārsts vēlēsies izmeklēt šo vietu un attiecīgi rīkoties. Ir neparasti, ka spermas granulomas rada problēmas, un lielākā daļa kunkuļu gada laikā izšķīst paši.
Dažos pētījumos ir ieviesta ideja par vazektomijas saistību ar lielāku prostatas vēža risku pacientiem, kuri izvēlas šo procedūru. Lielākā daļa medicīnas speciālistu uzskata, ka nav saiknes starp vazektomiju un palielinātu prostatas vēža biežumu. Ikvienam vīrietim ir ieteicams regulāri apmeklēt ārstu, lai veiktu prostatas izmeklējumus, lai nodrošinātu labu veselību.
Lai gan tas ir reti, vazektomijas neveiksme ir problēma nelielam skaitam pacientu. Šāda veida vazektomijas problēmu cēlonis bieži vien nav zināms, kā arī daļa no iemesla, kāpēc pacientiem pirmajos trīs mēnešos pēc procedūras tiek ieteikts izmantot alternatīvas dzimstības kontroles metodes. Kamēr paciente ievēro pieprasīto spermas paraugu ņemšanas grafiku, šo problēmu var atrisināt pirms neplānotas grūtniecības iestāšanās.