Vasektomijas blakusparādības ir reti sastopamas un rada nelielus draudus, jo procedūra tiek plaši uzskatīta par ārkārtīgi drošu un uzticamu dzimstības kontroles metodi. Tāpat kā jebkuras ķirurģiskas procedūras gadījumā, sāpes ir viena no iespējamām vazektomijas blakusparādībām, iespējama arī iekaisums un infekcija. Ir iespējamas arī citas iespējamās vazektomijas blakusparādības, piemēram, libido samazināšanās vai erektilā disfunkcija, taču tās ir retāk sastopamas un ārstējamas. Dažiem vīriešiem rodas imūnreakcija pret savu spermu, kas var ietekmēt viņu veselību. Tomēr vissmagākā vazektomijas blakusparādība ir tās pastāvība; Atšķirībā no citām kontracepcijas metodēm, vazektomija ir mūža pasākums, un to nav viegli mainīt.
Pēcoperācijas sāpes ir visticamākā blakusparādība. Incīzijas vieta būs sāpīga nākamajās dienās pēc operācijas. Šīm sāpēm vajadzētu mazināties nedēļas laikā, un sāpju mazināšanai parasti pietiek ar bezrecepšu pretsāpju līdzekļiem.
Infekcija un iekaisums ir arī iespējamās vazektomijas blakusparādības. Ir sagaidāms neliels apsārtums un pietūkums, taču, ja šie simptomi neizzūd nedēļas laikā vai ja tos pavada drudzis, var būt nepieciešama medicīniska palīdzība. Vīrietim var attīstīties arī granuloma — mazs, nekaitīgs veidojums, ko rada spermas noplūde no atdalītajām asinsvadu zarnām, kas var iekaist un inficēt zonu. Ja ir aizdomas par kādu no šīm vazektomijas blakusparādībām, ieteicams konsultēties ar ārstu.
Pēc vazektomijas ir iespējamas imūnreakcijas pret spermas šūnām, un daži vīrieši ražo antivielas, kuru mērķis ir sperma. Pētnieki ir pauduši bažas, ka ķermeņa uzbrukums savām šūnām var izraisīt citus, potenciāli nopietnus stāvokļus, tostarp artrītu, aterosklerozi, sirds slimības, diabētu, multiplo sklerozi un vēzi. Pētījumu rezultāti ir nepārliecinoši, un nav apstiprināta saikne starp šiem stāvokļiem un vazektomiju.
Daži vīrieši ziņo par seksuālās intereses samazināšanos, un daži ziņo par erektilās disfunkcijas gadījumiem pēc vazektomijas. Tomēr vazektomija neietekmē testosterona ražošanas līmeni, kā arī neietekmē jutību vai jebkuru fizisko funkciju. Vasektomijas blakusparādības, kas saistītas ar dzimumtieksmi un erektilās disfunkcijas, parasti ir emocionālas, un terapija var būt efektīva šo problēmu novēršanā.
Vazektomijas nav viegli atgriezeniskas, un tās drīkst veikt tikai vīrieši, kuri ir pārliecināti, ka nevēlas vairāk bērnu. Dažos gadījumos ir mēģināts mainīt, taču procedūra nav uzticama. Daži ir izvēlējušies glabāt spermu spermas bankā katram gadījumam, ja viņiem rodas izmaiņas, taču tas ir dārgs risinājums.
Lai gan vazektomijas piedāvā ļoti drošu kontracepciju, tās nenodrošina tādu pašu aizsardzības pakāpi, ko piedāvā dažas citas metodes. Piemēram, vazektomijas nepiedāvā nekādu aizsardzību pret seksuāli transmisīvām slimībām. Ideāls vazektomijas kandidāts ir monogāms vīrietis, kurš kopā ar savu partneri nolēmis, ka viņam vairs nebūs bērnu.