Disleksijas cēloņi vēl nav pilnībā izprasti, taču tiek uzskatīts, ka tie lielā mērā ir iedzimti. Citi disleksijas cēloņi varētu būt dzirdes traucējumi agrā bērnībā, kas var izraisīt ļoti mazu bērnu pārpratumu par atbilstošām vārdu un burtu skaņām. Daži eksperti uzskata, ka disleksija rodas smadzeņu struktūras vai funkciju atšķirību dēļ. Cilvēku ar disleksiju smadzenes var mēģināt apstrādāt runāto un rakstīto valodu smadzeņu labajā pusē, savukārt to cilvēku smadzenes, kuriem nav disleksijas, mēģina apstrādāt valodu kreisajā pusē. Citi uzskata, ka disleksija rodas, ja smadzenes kopumā vienkārši neveidojas pareizi, vai arī visu šo faktoru kombinācija var būt atbildīga par disleksiju.
Daži eksperti domā, ka dzirdes traucējumi ļoti maziem bērniem var izraisīt disleksiju. Šīs teorijas arguments ir tāds, ka šie mazie bērni nepareizi dzird un nepareizi interpretē šīs valodas skaņas, un viņiem var rasties problēmas ar burtu saskaņošanu ar pareizajām skaņām.
Citi uzskata, ka problēmas ar smadzeņu attīstību vai darbību ir viens no galvenajiem disleksijas cēloņiem. Daži pētnieki domā, ka cilvēkiem ar disleksiju smadzenes vienkārši neveidojas atbilstoši, tāpēc neveidojas nervu savienojumi, kas nepieciešami normālai valodas izpratnei. Vēl citi domā, ka cilvēku ar disleksiju smadzenes mēģina interpretēt valodu labajā smadzeņu pusē. Tiek uzskatīts, ka normālu cilvēku smadzenes valodu interpretē smadzeņu kreisajā pusē, tāpēc cilvēks, kurš valodas interpretēšanai izmanto labās smadzenes, var nonākt ievērojamā neizdevīgā situācijā.
Tiek uzskatīts, ka iedzimtība ir viens no galvenajiem disleksijas cēloņiem. Pētnieki uzskata, ka šī stāvokļa attīstībā var būt iesaistīta gēnu kombinācija. Turklāt ir konstatēts, ka cilvēku identiskie dvīņi ar šo stāvokli parasti arī cieš no tā. Cilvēkiem ar disleksiju, visticamāk, ir kāds no vecākiem, vecvecākiem, tante, tēvocis vai brālis un māsa ar invaliditāti. Tomēr daudzi pētnieki atzīst, ka disleksijas cēloņi joprojām ir noslēpumaini un ka daži vai visi no šiem faktoriem, kā arī faktori, kas vēl nav identificēti, var būt atbildīgi par šo stāvokli.