Salīdzinot ar citiem transporta veidiem, vilcieni ir salīdzinoši droši, un vilcienu bojāejas gadījumi nav izplatīti. Tomēr tie notiek, un visizplatītākais šādu vilcienu bojāejas iemesls ir vilcienu/maģistrāļu krustojumi, kas nav atbilstoši projektēti. Ierobežota redzamība automašīnas vadītājam, ierobežota redzamība vilciena operatoram, neatbilstošas brīdināšanas sistēmas un cilvēka kļūdas ir bieži sastopami negadījumu iemesli šādās vietās gar vilcienu sliedēm. Citi vilcienu negadījumu izraisīto nāves gadījumu cēloņi ir bojāts aprīkojums, operatora kļūda, operatora nogurums vai vadītāja nepadevība vilcienu krustojumos.
Vilcienu/maģistrāļu krustojumi ir sastopami visā pasaulē, radot risku vilcienu operatoriem un automašīnu vadītājiem, ja šie krustojumi nav pareizi projektēti vai uzturēti. Šajos krustojumos bieži notiek vilcienu bojāejas, jo vadītājiem šajās vietās var būt nepietiekama redzamība. Ja mašīnists neredz vilciena tuvošanos, viņš vai viņa var mēģināt šķērsot krustojumu, kamēr vilciens nāk. Lielākajā daļā krustojumu vārti šķērso ceļus, lai neļautu vadītājiem šķērsot ceļu, taču bojāts aprīkojums var ietekmēt vilcienu bojāeju šajās krustojumos. Daži vadītāji var pieļaut operatora kļūdu, mēģinot “pārspēt” pārbrauktuves aizsargus, ātri braucot pāri sliedēm, pirms vārti nokrīt. Tas ir bīstami un var izraisīt sadursmi ar pretimbraucošo vilcienu.
Ir ļoti grūti apturēt vilcienu, kad tas ir palielinājis ātrumu, tāpēc vilcienu operatoriem ir jābūt apmācītiem, kā droši darbināt visas bremžu sistēmas, ja rodas problēma. Viens no izplatītākajiem vilcienu bojāeju cēloņiem ir operatora kļūda, kad vilciena operators pienācīgi neaptur vai nepalēnina vilcienu vai nebrīdina pretimbraucošos transportlīdzekļus, ka vilciens gatavojas pabraukt garām. Katrā krustojumā ir nepieciešami īpaši signāltaures sitienu modeļi, un šo skaņas signālu neievērošana var izraisīt potenciāli letālus negadījumus. Vilciena nepalēnināšana pirms līkumiem vai pagriezieniem var izraisīt arī nobraukšanu no sliedēm, kas notiek, kad viena vai vairākas vilciena automašīnas vai dzinēji atstāj sliedēm.
Vēl viena prasme, ko vilcienu operatori ir apmācīti attīstīt, ir ātruma ierobežojumu ievērošana un izpratne par vilciena vadību. Vilciena ātrums var mainīties atkarībā no reljefa un operatora vadītās dzinēja, un vilciens, kas pārvietojas pārāk ātri pa sliežu ceļu, var noskriet no sliedēm. Apstāšanās ceļš arī tiek ievērojami palielināts, palielinoties vilciena ātrumam, kas nozīmē, ka operatoram būs mazāk iespēju palēnināt vai apturēt vilcienu, ja rodas ārkārtas situācija.