Bruņurupuči, ķirzakas, krokodili un čūskas tiek uzskatīti par rāpuļiem. Rāpuļi katrā no šīm sugām ir atrodami apdraudēto rāpuļu sarakstā, kas nozīmē, ka pastāv liela iespēja, ka tie izmirs. Dažādi faktori, kas var izraisīt izzušanu, ir klimata pārmaiņas, plēsoņu un upuru attiecības maiņa, biotopu zudums un cilvēka darbība. Biotopu zudums ir visizplatītākais sugas apdraudējuma cēlonis.
Vairāki jūras bruņurupuču veidi ir apdraudēti rāpuļi. Tajos ietilpst meža bruņurupuči, ādas bruņurupuči, vanags un zaļie jūras bruņurupuči. Vairāki faktori ir izraisījuši jūras bruņurupuču apdraudējumu.
Jūras bruņurupuči var svērt pat 300 mārciņas (136.08 kg). Viņi dēj olas uz sauszemes, kur mātītes ir neaizsargātas pret plēsējiem, jo to lielais svars liek tām lēnām kustēties, kad tās iziet no ūdens vides. Cilvēku malumednieki ir vēl viens drauds bruņurupuču mātītei uz sauszemes.
Dažas kultūras bruņurupuču olas uzskata par delikatesi. Dažās vietās populāra ir arī bruņurupuču zupa, tāpēc bruņurupuču zupas pagatavošanai dzīvu jūras bruņurupuču daļas tiek izņemtas. Cilvēku apmetnes un atpūtas aktivitātes ir samazinājušas mātītēm olu dēšanai piemēroto teritoriju, kas dažkārt liek mātītei vai nu dēt olas ligzdošanai nepiemērotā vidē, vai arī pilnībā abortēt.
Komodo pūķis ir lielākā ķirzaka pasaulē un spēj sasniegt 12 pēdu (3.66 m) garumu. Tās galvenais apdraudējuma cēlonis ir dzīvotnes zudums cilvēka attīstības dēļ. Nelegālās medības ir vēl vairāk samazinājušas šo apdraudēto rāpuļu skaitu.
Siāmas krokodils ir iekļauts apdraudēto rāpuļu sarakstā. Biotopu zudums ir veicinājis krokodilu skaita samazināšanos. Lauksaimnieki Kambodžā un Taizemē ir nosusinājuši lielu daļu krokodilu purvainā reljefa, lai palielinātu lauksaimniecības zemes apjomu. Krokodilu āda ir vērtīga, tāpēc cilvēku malumednieki ir palīdzējuši vēl vairāk samazināt krokodilu skaitu. Tiek uzskatīts, ka globālā sasilšana ir veicinājusi arī daudzu Siāmas krokodilu bojāeju.
Pie apdraudētajiem rāpuļiem pieder Sanfrancisko prievīšu čūska un austrumu indigo. Pieaugošā attīstība ir samazinājusi Sanfrancisko prievītečūskas dzīvotni, un piesārņojums ir palīdzējis samazināt to skaitu. Liela apjoma zemes attīstība Amerikas Savienoto Valstu dienvidu daļā ir galvenais iemesls, kāpēc austrumu indigo ir apdraudēto rāpuļu sarakstā.