Lielākajai daļai kukaiņu, putnu un zīdītāju sugu ir nepieciešama īpaša dzīvotne, lai tās izdzīvotu. Biotops nodrošina barību un ligzdošanas vai vairošanās vietas. Kad biotopi tiek iznīcināti, daudzas sugas izmirst. Divi galvenie biotopu iznīcināšanas cēloņi ir cilvēka darbības, piemēram, celtniecība un lauksaimniecība, izraisīta iznīcināšana, kā arī dabas izraisīta iznīcināšana, piemēram, ugunsgrēki, zemestrīces un citas dabas katastrofas.
Biotopu veido īpaši vietējie augi un apstākļi, kas nodrošina mājvietu un vairošanās vietu putniem, zīdītājiem un kukaiņiem. Daudzi biotopi ir specifiski apgabalam un klimatam, un tie ir ļoti trausli. Piemēram, mitrāji ir īpaši bagāti ar floru un faunu, un tie ir arī jutīgi pret bojājumiem. Tāpat lietus meži nodrošina bagātīgu biotopu neskaitāmām sugām. Citi biotopi ietver mērenas joslas mežus, pļavas un prērijas.
Viens no galvenajiem biotopu iznīcināšanas cēloņiem ir mežu izciršana. Mežu izciršana ietekmē mērenās, subtropu un tropiskās zonas. Mežu izciršana notiek, kad lielākā daļa vai visi apgabalā esošie koki tiek nocirsti, lai attīrītu zemi būvniecībai, lauksaimniecībai vai pašai koksnei. Daudzas trauslas ekosistēmas, īpaši tropos, katru dienu tiek iznīcinātas mežu izciršanas dēļ.
Mitrāju aizpildīšana māju un citu ēku celtniecībai ir arī galvenais biotopu iznīcināšanas cēlonis. Viens dīķis var radīt unikālu vidi, kas atbalsta daudzas dažādas sugas. Ja attīstītājs, pilsētas vai mājas īpašnieks aizpildīs dīķi, biotops tiks iznīcināts un sugas, kas uz to balstījās, tiks pārvietotas.
Lauksaimniecība izraisa arī biotopu iznīcināšanu, kad meži tiek izcirsti, lai atbrīvotu vietu lauksaimniecībai un mājlopu audzēšanai. Mēslošanas līdzekļu un pesticīdu izmantošana var izraisīt arī biotopu iznīcināšanu, kad ķīmiskās vielas nonāk vietējos ūdensceļos un izplatās pa ekosistēmām, mainot bieži vien trauslo līdzsvaru. Lielie lauksaimniecības dzīvnieku saražoto kūtsmēslu daudzumi nonāk arī ūdensceļos, vēl vairāk palielinot piesārņojumu. Daudzu sugu dzīvotnes ir atkarīgas no ezeriem, strautiem un upēm, un, ja šīs teritorijas tiek sabojātas, biotops tiek zaudēts. Aizsprosti arī izraisa biotopu iznīcināšanu, neļaujot migrējošām zivīm pārorientēties uz savām nārsta vietām.
Cilvēka darbība nav vienīgais biotopu iznīcināšanas cēlonis. Pati daba pastāvīgi mainās un mainās, un, kad notiek pārmaiņas, bieži vien tiek zaudēti veseli biotopi. Piemēram, zibens izraisīti savvaļas ugunsgrēki var iznīcināt mežu un zālāju biotopus.
Turklāt plūdi maina saldūdens straumju, upju un mitrāju trauslo dinamiku, un virsstundu biotopi pakāpeniski mainās. Piemēram, mitrājs var izžūt un kļūt par zālāju, iznīcinot bijušo biotopu, bet izveidojot jaunu. Tāpat zālāji var pārvērsties purvos.
Tomēr cilvēka iejaukšanās nodara vislielāko kaitējumu ekosistēmām un biotopiem. Pat dārza, kas pilns ar eksotiskiem un svešzemju augiem, apstādīšana samazina vietējām sugām pieejamo dzīvotņu daudzumu. Tāpēc daudzi dārznieki savos dārzos stāda vietējos augus, lai palīdzētu atjaunot attīstības laikā zaudēto dzīvotni.