Jonizācijas masas spektrometram var būt daudz dažādu formu, kas paredzēti dažādiem lietojumiem; tomēr visi strādā pēc vieniem un tiem pašiem pamatprincipiem. Paraugu ievieto jonizācijas masas spektrometrā, un tā daļiņas tiek elektriski uzlādētas, pārvēršot tās par joniem. Pēc tam šos jonus sašķiro pēc to masas un mēra, izveidojot spektru, kas identificē visas parauga ķīmiskās sastāvdaļas. Spēja precīzi identificēt ķīmiskās vielas un to sastāvu ir noderīga daudzās zinātnes disciplīnās, tostarp ģeoloģijā, arheoloģijā un planētu un zvaigžņu ķīmiskās uzbūves izpratnē. Viens no svarīgākajiem jonizācijas masas spektrometra lietojumiem ir medicīniskajā izpētē un ārstēšanā, kur ar ierīci var identificēt ķīmisko vielu pēdas cilvēka organismā, lai diagnosticētu slimības un pētītu medikamentu ķīmisko iedarbību.
Zinātnieki, kas pēta Zemi, izmanto masas spektrometrus dažādiem mērķiem. Ģeoloģijā precīzi seno iežu sastāvdaļu mērījumi var sniegt ieskatu par to vecumu un apstākļiem, kas pastāvēja to veidošanās laikā. Laikapstākļu pētījumos masu spektrometrija var noteikt precīzu dažādu gāzu līmeni Arktikas ledus kodola paraugos, pastāstot zinātniekiem siltumnīcefekta gāzu līmeni, kas pastāvēja Zemes atmosfērā desmitiem tūkstošu gadu. Zinātnieki pat ir spējuši izmantot masu spektrometriju, lai identificētu masīvā meteora trieciena paliekas, kas, domājams, izraisīja dinozauru izzušanu.
Pētot mūsu Saules sistēmu, zinātnieki ir ne tikai izmantojuši jonizācijas masas spektrometru, lai pētītu meteorītu paraugus, kas nokrituši tepat uz Zemes, bet arī integrējuši ierīces kosmosa kuģos. Diviem Viking kosmosa kuģiem, kas tika nosūtīti uz Marsu 1975. gadā, katram bija iebūvēts jonizācijas masas spektrometrs, lai meklētu ķīmiskās dzīvības pazīmes. Huygens zonde, kas 2005. gadā nolaidās uz Titāna, Jupitera lielākā pavadoņa, izmantoja jonizācijas masas spektrometru, lai pētītu Mēness atmosfēru un virsmas sastāvu.
Medicīnas zinātnēs plaši tiek izmantoti jonizācijas masas spektrometri. Pētījumos tos izmanto, lai identificētu ķīmiskas vielas dabā, kuras var izmantot medicīnā, un palīdz saprast, kā šīs vielas mijiedarbojas ar citām ķīmiskām vielām cilvēka organismā. Kad tiek diagnosticēta slimība, tos izmanto, lai identificētu ķīmiskas vielas, piemēram, toksīnus, kas var nelabvēlīgi ietekmēt pacientu. Tos izmanto arī, lai identificētu proteīnus, fermentus un citus organismā esošos bioloģiskos savienojumus, kas var sniegt ieskatu par to, kas izraisa cilvēka slimību.
Jonizācijas masas spektrometrus var izmantot arī ārpus medicīnas un pētniecības. Tos var izmantot, lai izmērītu gaisa kvalitāti ēkās vai rūpnīcās, lai uzraudzītu produktu tīrību rūpniecībā vai pat noteiktu alternatīvus izejvielu avotus. Jonizācijas masas spektrometrs turpina atrast jaunus lietojumus un pielietojumus burtiski visur, kur zināšanas par precīzu vielas ķīmisko sastāvu ir informatīvas vai noderīgas.