Jūrascūciņas cieš no daudzām tām pašām slimībām, kas skar citus zīdītājus, tostarp cilvēkus. Pneimonija, ādas slimības un parazīti ir vienas no visbiežāk sastopamajām jūrascūciņu slimībām. Jūrascūciņas ir arī ļoti uzņēmīgas pret karstuma dūrienu. Daudzos gadījumos viņi neizrāda savu diskomfortu, kamēr slimība vai stāvoklis nav labi noskaidrots; jūrascūciņu īpašniekiem ir svarīgi apzināties simptomus un vest savus mājdzīvniekus uz regulārām veterinārajām pārbaudēm.
Jūrascūciņa, kas patērē standartiem neatbilstošu uzturu un dzīvo netīrā būrī, var saslimt ar pneimoniju elpceļu bakteriālas infekcijas rezultātā. Simptomi ir nāsis vai acis, kas iztukšo šķidrumu un atteikšanās ēst. Jūrascūciņa, kas ātri elpo un nepārvietojas būrī vai ārpus tā, nekavējoties jānogādā pie veterinārārsta, pretējā gadījumā iespējama nāve.
Ādas traucējumi, visticamāk, ir jūrascūciņām, kuras skrāpējas un grauž sevi, izmet kažokādas līdz plikpaurībai vai uzrāda sarkanu vai kairinātu ādu. Ja veterinārārsts neapskata šādu dzīvnieku, ādas kairinājumam var veidoties nepatīkama garoza vai tas var kļūt sabiezināts. Jūrascūciņu ādas slimības var būt nepietiekama uztura, pamatslimības vai parazītu rezultāts. Ārstēšana ietver ivermektīnu, ārstnieciskos šampūnus un jūrascūciņām drošus pulverus vai ziedes, kas tiek uzklātas uz skartajām vietām.
Daudzi parazīti barojas ar jūrascūciņām. Cikoidoze, ko izplata vienšūnas parazīts, izraisa smagu caureju. Utis, kas arī meklē cilvēkus, ir atbildīgas par plikiem plankumiem un atklātām čūlām. Cirpējēdes, cilvēka parazīts, izraisa jūrascūciņām ap degunu un galvu, kā arī kairinātu ādu.
Jūrascūciņu īpašniekiem jāapzinās, ka C vitamīna deficīts parasti veicina jūrascūciņu slimības. Dzīvniekiem, kas šķiet vāji vai izsmelti, asiņo no smaganām vai kuriem ir deformēti zobi, nepieciešama veterinārārsta iejaukšanās. Injekcijas, uztura bagātinātāji un uztura izmaiņas, kas ietver daudz C vitamīna bagātas pārtikas, var mainīt stāvokli.
Citas jūrascūciņu slimības, kas biežāk sastopamas gados vecākiem mājdzīvniekiem, ir olnīcu cistas un daži vēža veidi. Apmēram trim ceturtdaļām jūrascūciņu mātīšu, kas vecākas par pusotru gadu, ir olnīcu cistas. Atsevišķi kažokādu izkrišanas modeļi, kā arī auglības samazināšanās var liecināt par slimības klātbūtni. Ultraskaņa ir izvēlētais diagnostikas instruments, un slima mājdzīvnieka sterilizācija ir visizplatītākā ārstēšanas metode.
Nelielai daļai jūrascūciņu attīstās vēzis, un tās parasti ir vecāka gadagājuma mājdzīvnieki. Ādas, krūts un asins vēzis ir biežāk nekā citi veidi. Apstrādi var veikt, lai dzīvniekam būtu ērtāk.
Jūrascūciņas ir ļoti uzņēmīgas pret karstuma dūrienu. Stāvoklim ir tādi simptomi kā siekalošanās, bālas smaganas un elsošana. Karstuma dūriens ātri progresēs līdz nāvei, ja slimais dzīvnieks netiek nekavējoties ārstēts.