Mikroskopus izmanto gan klasēs, gan svarīgu novērtējumu veikšanai medicīnas laboratorijās un citās mikrotehnoloģijās. Dažādi veidi ir paredzēti šiem dažādajiem lietojumiem, un tāpēc tie atšķiras atkarībā no to izšķirtspējas, palielinājuma, lauka dziļuma, redzes lauka, apgaismojuma metodes, automatizācijas pakāpes un radītā attēla veida. Būtībā ir trīs mikroskopu kategorijas: elektronu, konfokālais un saliktais.
Elektronu mikroskopi ir ārkārtīgi sarežģītas palielināšanas ierīces. Tos izmanto arheoloģijā, medicīnā un ģeoloģijā, lai aplūkotu objektu, piemēram, orgānu un akmeņu, virsmas un slāņus. Tā vietā, lai izmantotu gaismu, šīs ierīces vērš elektronu plūsmu uz paraugu, un pievienotie datori analizē, kā materiāls izkliedē elektronus. Paraugs ir jāuztur vakuuma kamerā.
Izmantojot transmisijas elektronu mikroskopus, zinātnieks iegūst skatu uz objekta 2-D šķēlēm dažādos dziļumos. Protams, ar tik jaudīgiem instrumentiem gan palielinājuma pakāpe, gan attēla izšķirtspēja jeb asums ir ļoti augsts. Skenējošie elektronu mikroskopi nedaudz atšķiras ar to, ka tie skenē apzeltītu paraugu, lai iegūtu objekta virsmas 3-D skatu. Šis skats ir melnbalts, tomēr sniedz pārsteidzošu priekšstatu par, piemēram, dinozaura kaula mazajiem pakalniem un ielejām.
Konfokālais mikroskops ir solis uz leju salīdzinājumā ar iepriekšējiem veidiem. Tas izmanto lāzera staru, lai apgaismotu paraugu, kura attēls pēc tam tiek digitāli uzlabots, lai to skatītu datora monitorā. Paraugs bieži tiek krāsots spilgtā krāsā, tāpēc lāzers nodrošina kontrastējošāku attēlu. Tas ir uzstādīts uz stikla slaida gluži kā vidusskolas bioloģijā. Šīs ierīces tiek vadītas automātiski, un motorizētie spoguļi palīdz ar autofokusu.
Visvienkāršākie veidi ir sastopami klasēs visā pasaulē: saliktie mikroskopi. Tos pilnībā darbina ar roku, un parauga apgaismošanai izmanto parasto apkārtējo saules gaismu vai spuldzi. Neatkarīgi no tā, ko lietotājs vēlas apskatīt, tas ir uzstādīts starp diviem stikla priekšmetstikliņiem un nosprausts zem galvenā objektīva, un attēla fokusēšanai viņš izmanto ciparripu. Šie rīki izmanto vienkāršu palielināmo lēcu un spoguļu sēriju, lai attēlu parādītu līdz okulāram, līdzīgi kā teleskopā.
Saliktos mikroskopus galvenokārt izmanto bioloģijā. Tie veido objekta 2-D šķēli, tomēr var sasniegt pietiekami lielu palielinājumu, lai redzētu eikariotu šūnu daļas, matu šķipsnu vai dīķa putas. Diemžēl tiem nav izcilas izšķirtspējas, tāpēc attēls var būt izplūdis. Stereoskopiskie mikroskopi, kā norāda nosaukums, nodrošina sadalītu priekšmetu, piemēram, muskuļu audu vai orgānu, trīsdimensiju attēlu. Šajā gadījumā palielinājums ir vājš, tāpēc skatītājs nevar izdalīt atsevišķas šūnas, taču izšķirtspēja ir daudz uzlabota.