Neraugoties uz daudzu bioloģisko dārznieku vēlmēm un labiem nodomiem, pienāk brīdis, kad ir jāizmanto insekticīdi, lai iznīcinātu kukaiņus, kas invadē un iznīcina dārza kultūras. Daudzi dod priekšroku dabīgam insekticīdam, nevis sintētiski ražotam ķīmiskam insekticīdam. Rotenons un piretrs ir ļoti labi zināmi un plaši izmantoti dabiski insekticīdi, kas iegūti no augiem. Citi dabiskie insekticīdi ir nikotīns, nīma eļļa un ziepes.
Rotenonu un piretru parasti izmanto kā dabiskos insekticīdus. Rotenons ir iegūts no Derris ģints tropu un subtropu augu saknēm. Rotenons darbojas kā plaša spektra dabisks insekticīds, kas saindē gan saskarē, gan norijot. Rotenonu parasti izmanto kā putekļus vai aerosolu, un, lai gan tas nav toksisks augiem, tas ir ļoti toksisks zivīm un vidēji toksisks siltasiņu zīdītājiem.
Piretrs ir iegūts no Dalmācijas krizantēmas un tiek izmantots putekļu vai šķidras suspensijas veidā. Lielā koncentrācijā tas darbojas kā dabisks insekticīds, uzbrūkot kukaiņu centrālajai nervu sistēmai. Piretrums nelielā koncentrācijā var nebūt toksisks kukaiņiem, taču tas saglabā spēju atbaidīt kukaiņus. Piretrs ir toksisks zivīm, bet mazāk toksisks zīdītājiem nekā sintētiskie pesticīdi. Tas ir bioloģiski noārdāms un viegli sadalās gaismas ietekmē.
Daži bioloģiskie dārznieki iesaka izmantot ziepes, kuras simtiem gadu ir izmantotas kā dabisks insekticīds. Šķidrā trauku mazgāšanas līdzekļa, piemēram, Ivory, atšķaidīšana ar ūdeni līdz 1–2% šķīdumam, ko var izsmidzināt, lai pārklātu augus, ir atzīts par efektīvu kukaiņu apkarošanā. Tomēr esiet piesardzīgs, jo atkārtota un rūpīga pārklāšana ar lielu ziepju koncentrāciju var izraisīt dažu veidu augu bojājumus. Ziepes kā dabisks insekticīds var būt daudz mazāk toksiskas cilvēkiem un dzīvniekiem nekā citas alternatīvas, taču tās var būt arī daudz mazāk efektīvas, īpaši, ārstējot invāziju.
Lai gan ir konstatēts, ka nikotīns, neem un citi botāniskie insekticīdi, kas šeit nav apspriesti, ir efektīvi ar minimāliem vai vidējiem panākumiem, jebkāda veida dabīgie insekticīdi ir jāizmanto pēc iespējas mazāk. Tas, ka jūs izmantojat dabisku insekticīdu, nevis sintētisko, nenozīmē, ka tas ir mazāk kaitīgs dzīvniekiem vai cilvēkiem. Jebkāda veida dabisko insekticīdu lietošana jāveic droši un tikai tik bieži, cik nepieciešams, lai saglabātu veselīgu augļu vai dārzeņu ražu.