Apelsīnu koku un citu citrusaugļu koku audzēšanai nepieciešama rūpīga atzarošana, lai uzlabotu koka vispārējo veselību un palielinātu augļu ražu un lielumu. Pastāv zināmas domstarpības par to, kā vislabāk apgriezt apelsīnu koku, jo daži cilvēki uzskata, ka mazāk ir vairāk, savukārt citi uzskata, ka vislabākā ir plašāka atzarošana. Neatkarīgi no individuālajām vēlmēm, rūpīgi retinot augšējos zarus un nogriežot tos no abām pusēm, var iegūt labus rezultātus apelsīnu koku atzarošanā.
Labākais laiks apelsīnu koka apgriešanai ir tad, kad tas ir beidzis gada augļus, vasaras beigās vai agrā rudenī. Pirms faktiskā apelsīnu koka atzarošanas procesa sākšanas ir labi apskatīt koku un izlemt, cik plašai atzarošanai jābūt. Dažus gadus koks var pārvadāt vairāk atmirušās koksnes nekā citus, vai kaitēkļu problēmas var nozīmēt, ka kokam ir nepieciešama smagāka atzarošana nekā parasti. Turklāt visas pumpuru vietas, kas atrodas zem potzara, ir jānoņem pēc iespējas tuvāk koka stumbram, jo tās nedos ēdamus augļus. Kad šīs vietas ir identificētas un koptas, atlikušo koka daļu var apgriezt.
Pēc atmirušās koksnes un kaitēkļu bojātās koksnes nozāģēšanas apelsīnu koku atzarošanas galvenais mērķis ir izretināt augšējos zarus. Šajos zaros parasti tiek ražots visvairāk augļu, un neapgriešanas gadījumā koks var aizaugt, kā rezultātā var iegūt mazākus augļus, kas nav tik garšīgi. Retinot šos augšējos zarus, tiek atstāts daudz vietas augļiem, kā arī vairāk saules gaismas izplūst cauri koka viduszariem. Nevajadzētu noņemt vairāk kā vienu trešdaļu no augšējiem zariem.
Nogriezt zarus pareizā leņķī un veikt pareizo griezumu skaitu ir svarīgi, lai koks būtu vesels, kā arī veicinātu jaunu augšanu. Mazākus zarus var noņemt ar vienu leņķa griezumu, bet lielākiem zariem nepieciešami divi griezumi. Tā vietā, lai veiktu vienu lielu griezumu līdz galam, vispirms nogrieziet vienu lielā zara malu leņķī, pēc tam veiciet otru griezumu pretējā pusē tādā pašā leņķī. Tas ļauj zaru apgriezt, neriskējot sabojāt tā mizu. Apgriežot apelsīnu koku, nogrieziet zarus divas vai trīs collas no koka galvenā stumbra, lai pasargātu to no mizas bojājumiem.
Efektīva atzarošana nozīmē pievērst uzmanību koka kopējam izmēram un formai, kā arī sīkākām detaļām. Tas ir svarīgi, jo tas ietekmēs augļu novākšanas vieglumu, kad tie parādās. Jo augstāks koks, jo grūtāk būs sasniegt augstāko augli, tāpēc parasti ir labāk izvēlēties īsāku, platāku koku nekā garāku. Šo apelsīnu koka apgriešanu vislabāk sākt, kad koks ir jauns, jo vieglāk ir sākt trenēt koka formu, kamēr tas vēl ir mazs. Koka turēšana ne vairāk kā 8 pēdu (2.5 metri) augstumā ir labs līdzsvars starp augstumu un vadāmību.