Atbrīvoties no mutes čūlas ne vienmēr ir iespējams. Faktiski, pēc daudzu ekspertu domām, vienīgais veids, kā atbrīvoties no mutes čūlas vairumā gadījumu, ir ļaut tām izārstēties pašām. Dažkārt mutes čūlas smagumu iespējams samazināt, lietojot antihistamīna līdzekļus, un ar sāpēm var tikt galā, izmantojot muti notirpinošus līdzekļus. Dažos gadījumos mutes čūlas var liecināt par nopietnu slimību, piemēram, mutes vēzi, un no šiem avotiem radušās mutes čūlas var vispār nedziedēt bez radikāliem ārstēšanas pasākumiem.
Atbrīvošanās no mutes čūlas procesu parasti sarežģī fakts, ka ir daudz dažādu iespējamo cēloņu. Piemēram, čūlas mutē var izraisīt herpes vīruss, vēzis un bakteriālas infekcijas. Turklāt viens no visizplatītākajiem mutes čūlu veidiem ir rūsa, un patiesais cēlonis joprojām tiek apspriests. Lielākajai daļai parasto mutes čūlu cēloņu nav garantēta ārstēšanas līdzekļu efektivitāte, taču pastāv profilakses pasākumi.
Daudzi eksperti uzskata, ka dažas mutes čūlas var novērst, izmantojot labāko iespējamo mutes higiēnas praksi. Tas parasti ietver regulāru zobu tīrīšanu, kā arī zobu diegu un mutes skalošanas līdzekli. Dažreiz cilvēki var arī paātrināt atbrīvošanos no mutes čūlas, izmantojot antibakteriālus mutes skalojamos līdzekļus, taču tas parasti ir noderīgi tikai tad, ja čūlas ir saistītas ar bakteriālu infekciju. Eksperti ir arī identificējuši iespējamu saistību starp dažām mutes čūlām un tādu zobu pastu lietošanu, kas satur ķīmisku vielu, ko sauc par nātrija laurilsulfātu, tāpēc daži slimnieki izvēlas izvairīties no zīmoliem ar šo ķīmisko vielu.
Lielākā daļa bezrecepšu mutes čūlu ārstēšanas līdzekļu nav īsti noderīgi kā izārstēt. Viņi galvenokārt koncentrējas uz simptomu novēršanu. Izplatīta pieeja ir aizsargāt čūlu ar sava veida pārklājumu, vienlaikus nomierinot zonu, lai novērstu sāpes. Daudzi cilvēki, kas cieš no čūlas mutē, apgalvo, ka šī ārstēšanas kombinācija labi palīdz tikt galā ar diskomfortu.
Lielākā daļa mutes čūlu parasti izzūd dažu nedēļu laikā pašas no sevis un dažreiz daudz ātrāk. Ārsti parasti iesaka cilvēkiem uztraukties, ja čūlas mutē ilgst vairāk nekā 21 dienu. Tas varētu būt pazīme, ka mutes čūlu izraisījis vēzis vai kāda cita potenciāli nopietna problēma.