Visbiežākais mutes čūlu cēlonis bērniem ir nepareiza apiešanās. Mutes dobuma bojājumus, ko izraisa rupja zobu birstes lietošana, vaigu sakošana vai citas līdzīgas darbības, sauc par traumatiskām čūlām. Atkārtotas mutes čūlas bērniem var būt arī vīrusu vai baktēriju infekciju rezultāts. Šīs čūlas izraisa dažādi organismi, tostarp Coxsackie un herpes simplex vīrusi. Gadījumā, ja bērniem mutes čūlas izraisa mutes dobuma infekcijas, ieteicams nekavējoties sākt ārstēšanu, lai novērstu iespējamās komplikācijas.
Bērni bieži cieš no traumatiskām čūlām tikai tāpēc, ka viņi nav pieraduši pienācīgi rūpēties par savu muti. Diezgan bieži ļoti mazi bērni ievaino smaganas vai vaigus pārāk intensīvas zobu tīrīšanas rezultātā. Tāpat bērni var nejauši iekost savā mēlē, vaigos un lūpās, košļājot vai runājot vai pat rupjas spēles laikā. Bojājums dažkārt var izvērsties par atklātām čūlām, kas rada diskomfortu. Par laimi, traumatisku mutes čūlu biežums bērniem samazinās, bērniem novecojot un iegūstot labāku motora kontroli ap muti.
No otras puses, atkārtotas mutes čūlas bērniem parasti ir mutes infekcijas rezultāts. Piemēram, baktēriju aplikuma uzkrāšanās var izraisīt gingivītu un smaganu čūlas. Coxsackie vīrusa infekcija var izraisīt mazu sarkanu bojājumu veidošanos mutē, rokās un citās inficētajās vietās; šo stāvokli parasti sauc par roku, mutes un nagu sērgu. Retos gadījumos čūlas mutē ir herpes simplex vīrusa infekcijas rezultāts. Vitamīnu trūkums un apstākļi, kas vājina imūnsistēmu, rada bērniem lielāku infekcijas risku.
Infekciju izraisītas mutes čūlas parasti ārstē, kombinējot medikamentus un profilaktiskus pasākumus. Lai gan mutes čūlas zāles parasti ir pietiekamas, lai novērstu simptomus, bojājumi var atgriezties, ja bērnam netiek mācīts, kā izvairīties no infekcijas. Vispārīgi tīrības padomi, piemēram, izvairīšanās likt roku mutē pēc pieskaršanās netīriem priekšmetiem, ir tikpat svarīgi kā faktiskā apstrāde. Ir svarīgi arī meklēt tūlītēju ārstēšanu, ja mutes čūlas cēlonis bērniem ir nopietnāks stāvoklis, piemēram, herpes infekcija vai stipri novājināta imūnsistēma. Ja šīs infekcijas netiek novērstas, tās var izplatīties ārpus mutes dobuma un izraisīt medicīniskas komplikācijas, kas bērnam var izraisīt mūža garumā.