Vēja enerģijai ir vairāki trūkumi, kas jāņem vērā, aplūkojot enerģijas ražošanas iespējas. Ir svarīgi apzināties, ka, lai gan vēja enerģijas izmantošanā ir dažas izteiktas problēmas, tā joprojām ir ļoti ilgtspējīga un videi ļoti draudzīga enerģijas ražošanas metode. Ja izvēle ir starp vēja enerģiju un fosilo kurināmo ģeneratoru, vēja enerģija noteikti ir pareizais ceļš.
Viens no vēja enerģijas trūkumiem ir tas, ka tā nav enerģijas ražošanas veids bez emisijām. Vēja turbīnu un enerģijas sadales sistēmas būvniecībā tiek izmantoti vairāki resursi, un, lai gan vēja enerģijas ražošana nerada emisijas, emisijas tiek iesaistītas vēja parku uzturēšanā un citos ikdienas darbos, kas saistīti ar vēja parkiem. Tomēr vēja enerģijas radītās emisijas noteikti ir minimālas, salīdzinot ar parastajām emisijām, piemēram, ogļu spēkstacijām.
Vēja parki var arī apēst zemi, ko varētu izmantot citos veidos, kas ir viens no lielākajiem vēja enerģijas trūkumiem. Daži uzņēmumi ir sākuši risināt šo problēmu, būvējot turbīnas, kuras var izmantot fermās un apdzīvotās kopienās. Tomēr vecākām turbīnām ir nepieciešama īpaša vieta, un var būt nepieciešams daudz vietas, lai novietotu pietiekami daudz turbīnu, lai radītu noderīgu enerģijas daudzumu. Vēja turbīnas ir arī ārkārtīgi trokšņainas, kas bieži izraisa sabiedrības sūdzības, un tās var apdraudēt gājputnus, kas ir pieraduši brīvi darboties gaisā.
Vēja enerģijas ražošanu ierobežo arī atrašanās vieta. Vietas ar nemainīgi stipru vēju ir vislabāk piemērotas vēja parkiem, un zeme šajās vietās var būt dārga vai grūti nosargājama. Arī vēja parkiem ir jāatrodas pietiekami tuvu zonai, kurā tiek izmantota enerģija, lai samazinātu enerģijas pārvades procesa zudumus. Arī vēja parki ne vienmēr var būt produktīvi: dominējošie vēji var pārslēgties, piemēram, padarot turbīnas nederīgas, kas ir viens no vēja enerģijas trūkumiem, salīdzinot ar kaut ko līdzīgu hidroenerģijai, kas balstās uz fiksētu resursu.
Dažiem šķiet, ka vēja parku trūkst arī estētikas nodaļā. Vēja turbīnas nav īpaši aizraujošas, jo īpaši milzīgā grupā, un vietējās kopienas bieži vien iebilst pret vēja parku celtniecību estētisku apsvērumu dēļ. Energouzņēmumiem bieži vien ir jāiziet sarežģīts būvniecības atļauju pieteikšanas process, kas var sabojāt būvniecības plānus.
Ņemot vērā visus vēja enerģijas trūkumus, ir dažas atšķirīgas priekšrocības. Vēja enerģija ir bezmaksas, un vēja enerģijas izmantošanai nav tādas pašas ietekmes uz vidi kā hidroenerģijas izmantošanai, kas ietver aizsprostojumu vai citu izmaiņu veikšanu dabiskajā vidē. Pašas turbīnas ekspluatācijas laikā nerada emisijas, un ar būvniecību un apkopi saistītās emisijas var ievērojami samazināt, būvējot un darbojoties videi draudzīgā veidā.