Lielākā daļa spontāno abortu notiek tādu iemeslu dēļ, kurus nevar noteikt. Lielu skaitu to izraisa hromosomu anomālijas, hormoni un dzīvesveida izvēle. Bieži ir problēmas ar implantāciju, vai arī mātes vecums var būt faktors. Dažreiz kā cēlonis tiek minēta audu atgrūšana vai infekcija. Ir daudz iemeslu abortam, un, lai gan hromosomu anomālijas, iespējams, ir visizplatītākās, dažādas bērna vecāku īpašības var padarīt citus faktorus iespējamākus.
Hromosomu anomālijas ir viens no visizplatītākajiem spontānā aborta iemesliem. Problēmas ar hromosomām ir gandrīz pilnībā nejaušas, lai gan vecāku gēni var izraisīt spontānu abortu. Daudz lielāka iespēja, ka augļa zudumu izraisa bojāta olšūna vai sperma, kas var neatspoguļot vispārējo vecāku reproduktīvā potenciāla kvalitāti. Ja rodas atkārtoti spontānie aborti, kļūst lielāka iespēja, ka ģenētiskā problēma ir vienā no vecākiem.
Mātes veselības problēmas ir arī bieži sastopami spontāno abortu iemesli. Progesterona deficīts ir īpaši izplatīta veselības problēma mātēm, kas dažkārt izraisa spontānu abortu. Infekcija var izraisīt abortu, taču tā ir problēma, no kuras dažkārt var izvairīties. Dažas slimības, piemēram, neārstēts diabēts vai policistisko olnīcu sindroms, sievietēm rada lielāku spontāno abortu risku, taču tā nav īpaši izplatīta problēma visā populācijā, jo tā parasti ir zināma pirms grūtniecības mēģinājuma. Mātes vecums, lai arī tas nav veselības problēma, ir saistīts arī ar lielāku spontāno abortu skaitu.
Parasti dzīvesveids, kas negatīvi ietekmē augli, tiek pārtraukts, tiklīdz tiek atklāta grūtniecība, tāpēc uzvedības problēmas ir salīdzinoši reti sastopami spontāno abortu iemesli. Sievietēm, kuras grūtniecības laikā turpina nodarboties ar tādām aktivitātēm kā smēķēšana, pārmērīga dzeršana un kofeīna lietošana, biežāk var rasties aborts. Dažas zāles var arī ietekmēt grūtniecību. Lielākā daļa sieviešu ļoti rūpējas, lai nodrošinātu augļa drošību, tāpēc šie spontāno abortu iemesli kļūst arvien biežāki.
Daudzas darbības, kas parasti tiek uzskatītas par spontāno abortu cēloni, patiesībā ir diezgan drošas. Sievietes var turpināt strādāt, vingrot un iesaistīties dzimumaktā, neradot papildu risku auglim. Pat tādi iemesli kā mātes trauma, visticamāk, neizraisīs spontānu abortu, jo grūtniecības sākumposmā augli ļoti aizsargā mātes ķermenis. Tikai nopietnas traumas un ekstremālas aktivitātes var izraisīt spontānu abortu.
Lai gan daži spontāno abortu iemesli pasaulē ir biežāk sastopami, aplūkojot konkrētas grupas, saraksta augšgalā paceļas dažādi iemesli. Piemēram, starp grupām, kuras parasti iesaistās riskantās darbībās bez medicīniskās palīdzības pieejamības, piemēram, narkomāniem, dzīvesveida izvēle ir viens no biežākajiem spontānā aborta iemesliem. Faktiski dažādām grupām ir ļoti atšķirīgi spontāno abortu rādītāji, kas var sniegt mātei nepatiesu riska novērtējumu. Ja vecāki jūtas noraizējušies par spontāna aborta iespējamību, konsultācija ar ārstu parasti var sniegt pamatotu drošības novērtējumu.