Nakts sliktas dūšas cēloņi bieži vien ir tādi paši kā tie, kas veicina sliktu dūšu dienas laikā. Daži no visbiežāk sastopamajiem nakts sliktas dūšas cēloņiem ir stress, rīta nelabums, medikamentu blakusparādības un vīrusu vai baktēriju infekcijas. Indivīdam var rasties arī nakts slikta dūša grēmas vai gremošanas traucējumu dēļ. Atsevišķos gadījumos cilvēkam var rasties slikta dūša arī nakts laikā, jo viņš ir pārmērīgi iedzēris alkoholiskos dzērienus. Lai gan nakts slikta dūša var nebūt iemesls satraukumam, personai, kurai ir pastāvīga slikta dūša, ir labi meklēt padomu pie ārsta.
Stress ir viens no biežākajiem nakts sliktas dūšas cēloņiem. Dienas laikā daudzi cilvēki ir pārāk aizņemti, lai pamanītu stresa un trauksmes sekas. Taču naktīs, kad viss ir kluss un viņiem ir iespēja atpūsties, dažus cilvēkus pārņem raizes un stress. Tas var ne tikai izraisīt sliktu dūšu, bet arī apgrūtināt miegu.
Rīta slikta dūša ir vēl viens biežs nakts sliktas dūšas cēlonis. Rīta slikta dūša, ko raksturo slikta dūša un vemšana, ir bieži sastopams agrīnas grūtniecības simptoms. Daudzi cilvēki sagaida, ka rīta nelabuma simptomi būs apgrūtinoši tikai no rīta, taču ir pārsteigti, uzzinot, ka grūtnieci tā var skart jebkurā diennakts vai nakts laikā. Naktīs var būt pat sliktāk, jo sievietes vēders šajā diennakts laikā bieži jūtas tukšs, kas var veicināt vājuma sajūtu.
Kuņģa-zarnu trakta slimības, kas attīstās vīrusu un baktēriju dēļ, var izraisīt arī nakts sliktu dūšu. Piemēram, cilvēkam, kurš ir saslimis ar kuņģa vīrusu, simptomi var rasties naktī. Tomēr šādi simptomi var attīstīties jebkurā diennakts vai nakts laikā. Nakts slikta dūša var būt saistīta tikai ar brīdi, kad persona saslima ar vīrusu. Ja, piemēram, cilvēks dienas laikā ir saslimis ar vīrusu, kam ir astoņu stundu inkubācijas periods, pastāv liela iespēja, ka naktī viņam sāks justies slikta dūša.
Dažos gadījumos gremošanas traucējumi un grēmas var izraisīt sliktu dūšu naktī. Piemēram, cilvēks vakariņās var apēst kaut ko tādu, kas viņam izraisa kuņģa darbības traucējumus. Dažos gadījumos simptomi neparādās uzreiz, bet var izraisīt sliktu dūšu kādā brīdī nakts laikā. Grēmas, ko raksturo kuņģa skābe, kas pārvietojas barības vadā, var izraisīt arī sliktu dūšu naktī. Faktiski tiem, kas iet gulēt trīs stundu laikā pēc ēšanas, var būt lielāka iespēja izjust šo sliktas dūšas cēloni.
Personai var rasties arī slikta dūša naktī pēc pārmērīgas alkoholisko dzērienu lietošanas. Dažos gadījumos cilvēks sāk justies slikta dūša drīz pēc pārmērīgas dzeršanas. Tomēr citos gadījumos cilvēks var aizmigt un vēlāk pamosties no sliktas dūšas.