Spānijas inkvizīcija bija baznīcas tribunāls, kuru vadīja Spānijas monarhija un kas tika izveidots, lai izskaustu ķecerus un citas personas, kas apdraudēja Romas katoļu baznīcas statusu Spānijā. Spānijas inkvizīcija tika dibināta 1478. gadā, un tā tika formāli atcelta tikai 1834. gadā, un tā ir viena no bēdīgi slavenākajām no daudzajām Eiropā rīkotajām inkvizicijām. Tiek lēsts, ka Spānijas inkvizīcijas laikā gāja bojā vismaz 2,000 cilvēku, un neskaitāmi citi tika spīdzināti, pakļauti šausminošiem fiziskiem sodiem un spiesti nodot visu savu īpašumu.
Pirms šī perioda Spānijas vēsturē bija periods, kurā Spānija bija ārkārtīgi reliģiski daudzveidīga. Savulaik kristieši, musulmaņi un ebreji dzīvoja salīdzinoši mierīgi kopā Spānijā, apmainoties idejām un informācijai un veidojot bagātu un dinamisku kultūru. Tomēr, kad Spānijas monarhija sāka mauru okupēto Spānijas apgabalu atkarošanu, tā uzskatīja to par draudu, un monarhija strādāja, lai atjaunotu katolicismu kā dominējošo reliģiju Spānijā.
Aragonas monarhi Ferdinands II un Kastīlijas Izabella I izveidoja Spānijas inkvizīciju, izveidojot inkvizīciju, kuru vadīja valdība, nevis baznīca, un tas bija diezgan viltīgs politisks solis. Precīza Spānijas inkvizīcijas motivācija ir nedaudz neskaidra. Papildus acīmredzamajai vēlmei atkārtoti nostiprināt katolicismu Spānijā, monarhiem varēja būt ciniskāki motīvi, piemēram, vēlme iegūt rokās inkvizīcijas laikā notiesāto cilvēku īpašumus un steidzama vajadzība samazināt t.s. Conversos, ebreju un musulmaņu ticības cilvēki, kuri pieņēma kristietību, bieži vien spiediena vai politisku iemeslu dēļ.
Lai kāds būtu Spānijas inkvizīcijas pamatojums, tā tika organizēta līdzīgi kā formāla pāvesta inkvizīcija. Inkvizitori ienāca pilsētā un pēc dievkalpojumiem sniedza oficiālu paziņojumu, aicinot cilvēkus atzīties vai denonsēt citus. Tiklīdz tika identificēta atzinīgu vai nosodītu noziedznieku grupa, viņi tiks tiesāti tribunāla formātā. Viens no lielākajiem Spānijas inkvizīcijas trūkumiem no juridiskā viedokļa ir tas, ka apsūdzētajiem netika norādīta viņu apsūdzētāju identitāte, kā arī viņi bieži netika informēti par apsūdzībām, padarot neiespējamu sevi aizstāvēt. Viņiem bija arī pienākums liecināt, un atteikšanās sniegt liecību tika uzskatīta par vainas atzīšanu.
Conversos, kuri bieži tika turēti aizdomās, ka viņi nav īsti kristieši, bija īpaši Spānijas inkvizīcijas mērķi, jo inkvizīcija kristiešus varēja tiesāt tikai formāli. Inkvizīcija arī tiesāja cilvēkus par aizdomām par ķecerību un dažādiem citiem noziegumiem, no kuriem daudzi bija tikai abstrakti saistīti ar katoļu ticību. Spīdzināšana bija plaši izplatīta inkvizitoriālo tribunālu vidū, kā arī spiediens mudināt pilsoņus denonsēt viens otru, apsolot imunitāti pret izmeklēšanu. Ja tie tika notiesāti, dažiem cilvēkiem tika piedāvāta iespēja samierināties ar Baznīcu, parasti pēc smaga fiziska soda izciešanas un īpašuma zaudēšanas. Citiem notiesātajiem noziedzniekiem tika izpildīts nāvessods.