Augļa hipoksija pati par sevi nav slimība; tas ir patoloģisku procesu kopums, kas notiek dzemdē, izraisot auglim nopietnu skābekļa trūkumu uz noteiktu laiku un izraisot no tā izrietošus bojājumus un traucējumus. Tiek traucēta orgānu darbība un vielmaiņas procesi un var veidoties iedzimtas anomālijas. Centrālās nervu sistēmas bojājumi, tostarp smadzeņu un elpošanas traucējumi, ir izplatīti, izraisot tādus stāvokļus kā hipoksiski išēmiska encefalopātija, cerebrālā trieka, ADHD, epilepsija un daudzi neiroloģiski un neiropsihiski stāvokļi. Daudzos gadījumos mirstības līmenis ir augsts, un, lai gan bērns var izdzīvot pēc piedzimšanas, pēkšņas zīdaiņu nāves sindroma (SIDS) risks ir augsts.
Daudzos gadījumos precīzs skābekļa trūkuma laiks un cēlonis augļa hipoksijas dēļ joprojām nav atklāts. Rezultātā vecāki un ārsti norāda uz augļa hipoksiju kā cēloni. Piemēram, hipoksiskas-išēmiskas encefalopātijas gadījumā viegls stāvoklis var izpausties kā slikts muskuļu tonuss, pārejoša barošana, raudāšana un miega traucējumi, un neiroloģiskās atrades kļūst tuvu normālai tikai trīs līdz četras dienas pēc dzimšanas. Mērens slimības līmenis izraisa letarģisku zīdaini, gandrīz iztrūkstoši dziļi cīpslu refleksi, miega apnoja un krampji, kas rodas 24 stundu laikā pēc dzimšanas. Šīs šūnu neiroloģiskās slimības smagie līmeņi parasti ir stupors vai koma, reakcija uz fizisku stimulu, neregulāra elpošana, redzes traucējumi, krampji un nepieredzējis sūkšanas spējas. Smagas formas risks ir neregulāra sirdsdarbība, asinsspiediena svārstības un sirds un asinsvadu mazspēja.
Intrauterīna vai augļa hipoksija un no tās izrietošie perinatālie smadzeņu bojājumi rada ārkārtējas laika un naudas izmaksas, tostarp nepārtrauktas visu mūžu izdzīvojušo ārstēšanu. Amerikas Savienotajās Valstīs tas ir norādīts kā desmitais galvenais jaundzimušo nāves cēlonis. Pasaules Veselības organizācija (PVO) ir aprēķinājusi, ka katru gadu pasaulē ir no 4 līdz 9 miljoniem šādu jaundzimušo, izraisot aptuveni 1.2 miljonus nāves gadījumu un aptuveni tikpat daudz izdzīvojušo, kuriem ir smaga invaliditāte.
Sākotnējā ārstēšana augļa hipoksijas zīdaiņiem ir tūlītēja piedzimušā zīdaiņa iegremdēšana hipotermiskā terapijā, lai palielinātu izdzīvošanas iespējas. Attēlveidošanas pētījumi parasti parāda smagus smadzeņu bojājumus un dažus asiņošanas gadījumus. Elektrolītu līmenis bieži vien ir ļoti zems, un tiem nepieciešama tūlītēja nātrija, kālija un hlorīda piesūcināšana, kā arī ārstēšana, lai ievērojami samazinātu urīna izdalīšanos. Zīdaiņiem parasti nepieciešama reanimācija un stabilizācija, rūpīga šķidruma pārvaldība, atbalstoša ventilācijas terapija un pretkrampju līdzekļi krampju lēkmēm. Hipoglikēmija un hiperglikēmija ir risks, un atbilstoša ārstēšana parasti tiek uzsākta nekavējoties, lai nodrošinātu zīdainim labu uzturu.
Spontānas elpošanas trūkums dzimšanas brīdī pirmajās 20 līdz 30 minūtēs gandrīz vienmēr liecina par nāvi. Ja patoloģiski neiroloģiski atklājumi ilgst vairāk nekā septiņas līdz desmit dienas pēc dzimšanas, prognoze ir tāda, ka, ja zīdainis izdzīvos, viņa dzīve būs ļoti ierobežota. Viegli vai smagi hipoksiskas-išēmijas encefalopātijas gadījumi var zināt 60 procentu izdzīvošanas līmeni, ja nepieciešama mūža ārstēšana un uzraudzība. Krampju klātbūtne norāda uz sliktu prognozi, jo īpaši tāpēc, ka var rasties turpmāki smadzeņu bojājumi.