Kad imūnsistēma darbojas normāli, organismā rodas tolerances stāvoklis, reaģējot uz saviem proteīniem. Tomēr dažos gadījumos var attīstīties autoimunitātes stāvoklis, kurā imūnsistēma atpazīst vienu vai vairākus ķermeņa proteīnus un reaģē uz tiem. Ja tas notiek, imūnreakcija, kas attīstās, var nopietni ietekmēt veselību.
Imūnsistēma ir attīstījusies par ļoti specializētu reakciju, kas atpazīst un iznīcina svešus proteīnus un organismus. Šajā sakarā imūnsistēma atšķir tikai “es” un “ne-pašu”. Organisma ražotie proteīni ir paši un izraisa imunoloģiskās tolerances stāvokli; olbaltumvielas no vīrusiem, baktērijām, parazītiem, augiem, dzīvniekiem un citiem cilvēkiem, nav paši un var izraisīt imūnreakciju.
Imunoloģiskā tolerance ir stāvoklis, kurā imūnā atbilde tiek aktīvi nomākta pret proteīniem. Tomēr dažās situācijās organisms var attīstīt imūnreakciju, nevis toleranci pret vienu vai vairākiem pašproteīniem. Šo pašvadīto imūnreakciju sauc par autoimunitāti.
Vispazīstamākie autoimūnie traucējumi ir 1. tipa cukura diabēts un reimatoīdais artrīts, kā arī multiplā skleroze un sarkanā vilkēde. Katrā gadījumā autoimūnas slimības simptomi rodas, kad imūnsistēma uzbrūk pašproteīniem. Iegūtā imūnreakcija var izraisīt audu iznīcināšanu, hronisku iekaisumu un citus novājinošus simptomus.
Piemēram, 1. tipa cukura diabēta gadījumā imūnās šūnas iznīcina insulīnu ražojošās aizkuņģa dziedzera šūnas, izraisot nepieciešamību pēc ārēja insulīna avota. Turpretim reimatoīdais artrīts ir šūnu imūnās atbildes reakcijas uz locītavu audiem rezultāts, kas izraisa hroniskas sāpes un iekaisumu. Sistēmiskā vilkēde rodas, kad organisms ražo autoimūnas antivielas, kas reaģē uz proteīna veidu, kas atrodams gandrīz visās ķermeņa šūnās. Šī slimības forma var būt īpaši bīstama, jo tā var ietekmēt orgānus, locītavas, muskuļus un asinis.
Lai gan vispārējie autoimunitātes cēloņi nav zināmi, vairākas teorijas mēģina ņemt vērā autoimūno slimību attīstības modeļus populācijās. Viena teorija balstās uz faktu, ka sievietēm ir lielāka iespēja attīstīt autoimunitāti nekā vīriešiem, un turklāt grūtniecība palielina sievietes risku saslimt ar autoimūniem traucējumiem. Saskaņā ar šo teoriju šis risks palielinās, jo sievietes grūtniecības laikā tiek pakļautas augļa olbaltumvielām pāri placentas barjerai, kas var traucēt proteīnu toleranci.
Vēl viena teorija mēģina izskaidrot, kāpēc autoimūno traucējumu sastopamība daudzās Rietumu valstīs pēdējo desmitgažu laikā ir palielinājusies. Higiēnas hipotēze paskaidro, ka pastiprināta uzmanība higiēnai ir samazinājusi ne-pašproteīnu iedarbību un samazinājusi imūnsistēmas iespēju “iemācīties”, kā atšķirt sevi no sevis. Ir daži pierādījumi šai teorijai, jo autoimunitāte ir daudz izplatītāka Rietumu pasaulē nekā valstīs, kur viena vai vairākas infekcijas slimības ir endēmiskas iedzīvotājiem.