Biodīzeļdegviela ir ļoti līdzīga dīzeļdegvielai uz naftas bāzes, izņemot to, ka tā ir ražota no augu izcelsmes avotiem, piemēram, mikroaļģēm un kokosriekstiem, nevis no naftas. Lai gan īpašos apstākļos biodīzeļdegviela var rasties dabiski, šādi apstākļi ir reti un var ilgt vairākus gadus. Biodīzeļdegvielas reaktors saīsina laiku un padara procesu daļēji automatizētu vai pilnībā automatizētu, lai varētu radīt komerciālus biodīzeļdegvielas daudzumus. Ir divi galvenie biodīzeļdegvielas reaktoru veidi: bīdes un ultraskaņas. Abi strādā ar biodīzeļdegvielu dažādos veidos, taču abas rada lielu daudzumu biodīzeļdegvielas ar nelielu reaktora operatora darbu.
Visa biodīzeļdegviela sākas kā augu izcelsmes izejviela. Dažas izejvielas ir mikroaļģes, kokosrieksti un lietotas vai neapstrādātas augu eļļas. Pēc tam biodīzeļdegvielas reaktors strādā ar izejvielu, lai izraisītu ķīmisku reakciju, ko sauc par pāresterificēšanu. Šajā procesā izejvielu sadala divās vielās: glicerīnā un metilesteros.
Glicerīns ir procesa blakusprodukts un salds alkohols. Pēc ražošanas glicerīnu parasti izmanto citās nozarēs, lai izveidotu mitrinātājus vai ziepes, tāpēc glicerīns netiek izšķiests vai izmests. Otra viela, metilesteris, ir biodīzeļdegvielas ķīmiskais nosaukums. Šajā posmā biodīzeļdegviela tiek tālāk rafinēta, lai radītu citas biodegvielas, sajaukta ar naftas dīzeļdegvielu, lai izveidotu dīzeļdegvielu, kas nodrošina gan ilgtspējību, gan lietojamību aukstā temperatūrā, vai arī tiek izmantota nekavējoties bez maisījuma vai papildu apstrādes.
Ultraskaņas biodīzeļdegvielas reaktors izmanto ultraskaņas viļņus, lai izveidotu biodīzeļdegvielas izejvielu burbuli. Burbuļi veidojas un sabrūk ultraskaņas viļņu dēļ, izraisot karstuma un spiediena reakciju, kas liek izejvielām pāresterificēties. Ultraskaņas biodīzeļdegvielas reaktoru parasti izmanto lielām vai komerciālām vajadzībām, jo šīm vienībām ir grūti radīt mazākus biodīzeļdegvielas daudzumus. Šīs vienības arī parasti prasa mazāk darba no operatoriem un darbojas automātiskākā tempā nekā bīdes reaktori.
Bīdes biodīzeļdegvielas reaktoru izmanto laboratorijās, kurās testēšanai nepieciešams neliels biodīzeļdegvielas daudzums, kvalificēta persona to var izmantot mājās, kā arī to var palielināt komerciālai lietošanai. Šīs vienības izmanto siltumu un samazina biodīzeļdegvielas izejvielu pilienu izmēru, lai izraisītu pāresterizāciju. Biodīzeļdegvielas pagatavošana parasti aizņem no 30 minūtēm līdz četrām stundām atkarībā no iekārtas. Šīs vienības prasa vairāk darba no operatoriem, taču pati iekārta ir daudzpusīgāka dažādu ražu radīšanā un darbojas labāk ar cieto izejvielu nekā ultraskaņas biodīzeļdegvielas reaktora bloki.