Bioloģiskā okeanogrāfija ir visa okeāna dzīvības izpēte. Atšķirībā no jūras bioloģijas, kas koncentrējas uz konkrētu jūras radību bioloģiju, bioloģiskā okeanogrāfija cenšas izprast mijiedarbību starp visiem okeāna dzīvības līmeņiem un to vidi. Šī salīdzinoši jaunā zinātnes disciplīna ir kļuvusi arvien svarīgāka 21. gadsimtā, jo biologi un citi zinātnes eksperti cenšas izprast okeānā notiekošās izmaiņas, kas ietekmē dzīvības formas, sākot no mikroskopiskām baktērijām līdz lielajam zilajam valim.
Okeāna ekoloģijas izpratne ir galvenais bioloģiskās okeanogrāfijas mērķis. Dažas no kopīgajām jomām ietver izpratni par to, kā dažādu sugu populācijas mijiedarbojas viena ar otru, kā veidojas barības ķēdes un temperatūras, ķīmisko un ģeoloģisko izmaiņu ietekmi uz jūras dzīvi. Lai gan daži pētījumi var būt vērsti uz konkrētu jūras sugu vai organismu, okeanogrāfi bieži vien paņem plašāku skatījumu, cenšoties saprast, kā pētīta parādība vai suga ietekmē jūras vidi kopumā. Šis plašais skatījums bieži vien prasa daudzu dažādu zinātnes jomu, piemēram, ķīmijas, ģeoloģijas un pat fizikas, integrāciju.
Lai gan daļa bioloģiskā okeanogrāfijas tiek veikta, veicot pētījumus jūrā, liela daļa darba šajā plašajā disciplīnā tiek veikta arī laboratorijās. Piemēram, mikroskopisku organismu izpēte bieži tiek veikta laboratorijas apstākļos, jo ir gandrīz neiespējami pārbaudīt šīs radības to dzimtajā vidē. Okeāna vidē bioloģiskā okeanogrāfija bieži ietver iegremdējamu pētniecības kuģu izmantošanu, tostarp zemūdenes, hidrolokatoru aprīkojumu un ūdensnecaurlaidīgas kameras, lai novērotu un pētītu plašo ekoloģijas klāstu, kas nav redzams no virsmas. Nav pārsteidzoši, ka okeanogrāfijas apakšnozare ir bioloģiskajos pētījumos izmantojamo iekārtu projektēšana un uzlabošana.
20. gadsimtā tika pieliktas lielas pūles, lai saprastu, kas īsti slēpjas zem necaurredzamajiem jūras ūdeņiem. Tagad, kad dziļumi ir nedaudz labāk izprotami, 21. gadsimta bioloģiskā okeanogrāfija parasti koncentrējas uz tādiem jautājumiem kā iedzīvotāju mijiedarbība, saglabāšana un okeāna mainīgā klimata izpratne. Okeānu saistība ar globālo sasilšanu ir galvenais okeanogrāfu pētījumu avots. Daudzi okeanogrāfi pēta, kā okeāns absorbē un pārvalda kritiskos elementus, piemēram, oglekli un slāpekli, lai mēģinātu saprast, kā jūras ekoloģija var mainīties, palielinoties piesārņojumam.
Bioloģiskās okeanogrāfijas izpēte ir galvenais, lai saprastu, kā dzīvība darbojas zem viļņiem. Papildus klimata pārmaiņu un jūras ūdeņu paskābināšanās seku izpētei okeanogrāfi bieži vien ir galvenie dalībnieki vides politikas izstrādē, kas vērsta uz dzīvības saglabāšanu okeānā. Lai nodrošinātu savas disciplīnas, kā arī jūras ekoloģijas nākotni, okeanogrāfiem ir svarīga loma saglabāšanas pētījumos un darbībās.