Fonoloģiskā attīstība ir runas mācīšanās process, un tas ir visciešāk saistīts ar bērniem. Fizioloģiskās sistēmas, kas piedalās šajā procesā, ir dzirdes un balss sistēmas. Dzirdes sistēma ietver ausis, auss kanālu un smadzenes. Balss sistēma ietver balss akordus, rīkli, muti, zobus un mēli. Žoklis ir iekļauts vokālajā sistēmā, pateicoties nepieciešamajām žokļa kustībām, kas nepieciešamas skaņu radīšanai, kas veido vārdus.
Pirmo fonoloģiskās attīstības fāzi sauc par pirmsreprezentācijas stadiju. Šis runas posms sākas pēc tam, kad bērns ir pavadījis gadu, klausoties citu runā un apkopojot savu dzirdes ievades interpretāciju. Bērns šajā posmā nonāks aptuveni 14 mēnešu vecumā; tā kā bērnam trūkst pareizas balss sistēmas fizioloģijas, lai pareizi runātu, skaņas būs burbulīgas un ļoti vienkāršas līdzskaņu skaņas. Šīs skaņas tiek sauktas par formulām, eholālijām un mīmikas izteiksmēm.
Otro fonoloģiskās attīstības posmu sauc par reprezentācijas stadiju. Bērni šajā posmā nonāk aptuveni 24. mēnesī. Balss akordi sāk nostiprināties, kad bērni sāk mācīties, kā novietot mēli un zobus pareizai skaņas radīšanai. Šajā posmā bērni nevar izrunāt līdzskaņu pret līdzskaņu, piemēram, vārdā spageti. Bieži vien bērni kombināciju “sp” aizstās ar vienu līdzskaņu, piešķirot viņiem līdzskaņu pret patskaņu. Jaunie fonoloģijas apguvēji nespēj izrunāt līdzskaņu pret līdzskaņu; viņi var izrunāt tikai līdzskaņu pret patskaņu.
Mērķgramatika ir trešais un pēdējais fonoloģiskās attīstības posms. Šajā posmā bērni zina, kā pareizi novietot mēli pret zobiem, kā arī atklāj, kā vārda līdzskaņam blakus novietot līdzskaņu un radīt pareizās skaņas, lai izveidotu pareizo vārdu. Šajā posmā vārdu krājums sāk paplašināties. Bieži tiek ieviesta fonika un lasīšana, lai gan bērns nevar kognitīvi lasīt, kamēr nav bijis šajā posmā dažus gadus. Bērns bieži lieto vārdus nepareizi, jo viņa vārdu krājums paplašinās ātrāk nekā viņa spēja aptvert katra vārda definīciju.
Problēmas, kas konstatētas katrā fonoloģiskās attīstības fāzē, radīs problēmas vēlākos posmos, ja tās netiks ārstētas. Dzirdes problēmas zīdaiņiem aizkavē runu, jo bērns nevar dzirdēt pietiekami labi, lai sāktu pirmo fāzi. Bērni, kuri ir atstāti novārtā, pilnībā izlaidīs otro posmu; ja viņi nedzird vārdus, viņi nemācēs izrunu. Fizioloģiskas problēmas, piemēram, aukslēju šķeltnes, problēmas ar mēli vai žokli, kavēs bērna progresēšanu līdz trešajai stadijai.