Fundamentālā teoloģija ir pētījums par kristīgās reliģijas aizsardzību, īpaši attiecībā uz katoļu baznīcas doktrīnām. Tā ir cieši saistīta ar apoloģētiku, bet terminu “fundamentālā teoloģija” lieto gandrīz tikai katoļi, turpretim apoloģētika attiecas uz jebkuras ticības sistēmas aizstāvību. To nevajadzētu arī jaukt ar fundamentālistu teoloģiju, kas ir jebkuras fundamentālistu reliģiskās grupas uzskatu sistēma. Fundamentālajai teoloģijai ir trīs galvenie mērķi: demonstrēt teistiskās pārliecības pamatotību, demonstrēt kristīgās reliģijas patiesumu kopumā un parādīt, ka katoļu baznīca ir īpašais atklāsmes avots.
Teistiskās pārliecības derīguma demonstrēšana pārsniedz mēģinājumus pierādīt kāda veida dievības esamību. Teistiskā ticība šajā nozīmē ir ticība ne tikai tam, ka Dievs eksistē, bet arī tam, ka Dievs joprojām ir iesaistīts cilvēku lietās vai Visuma turpināšanā. Fundamentālie teologi var aizstāvēt teismu, pamatojoties uz vairākiem filozofiskiem vai metafiziskiem argumentiem, piemēram, ka kārtības pastāvēšana Visumā prasa ticību kādai Būtnei, kas to sakārtotu. Tie var ietvert arī argumentus par cilvēka dvēseles būtību un morālo atbildību Dieva priekšā.
Vēl viens fundamentālās teoloģijas mērķis ir parādīt, ka kaut ko no dievišķā būtības var uzzināt caur atklāsmi, īpaši kristīgās reliģijas atklāsmēs. Šie argumenti parasti ir saistīti ar Bībeles vēsturiskuma un iedvesmas aizstāvēšanu. Apoloģēts varētu iebilst, ka Kristus atnākšana piepildīja vairākus Vecajā Derībā simtiem gadu iepriekš izteiktus pravietojumus vai ka Vecās Derības notikumiem, piemēram, plūdu stāstam, ir arheoloģiski pierādījumi, kas tos apstiprina. Var izvirzīt dažus argumentus par Mozus likuma morālo pārākumu pār citiem mūsdienu morāles kodeksiem. Daudzi teologi ir ierosinājuši arī vēsturiskus pierādījumus par Kristus augšāmcelšanos.
Fundamentālā teoloģija arī mēģina pierādīt, ka katoļu baznīca, nevis jebkura cita persona vai institūcija, ir galvenais atklāsmes avots. Katoļi apgalvo, ka kristietība bija domāta kā sociāla struktūra, nevis tikai individuāls dzīvesveids, un ka katoļu baznīcai ir tiesības turpināt runāt Dieva vārdā. Šim apgalvojumam, pēc katoļu domām, ir pamats gan Svētajos Rakstos, gan agrīnajā baznīcas vēsturē. Katoļi pāvestības vēsturi meklē līdz pat Svētajam Pēterim, kurš, pēc viņu domām, saņēma savas Baznīcas galvas pilnvaras no paša Kristus.