Hipotēze ir izskaidrojums parādībai, ko var pārbaudīt kaut kādā veidā, kas ideālā gadījumā to pierāda vai atspēko. Pārbaudes laikā hipotēze tiek uzskatīta par patiesu, un pētnieka mērķis ir stingri pārbaudīt tās nosacījumus. Jēdziens ir ļoti svarīga zinātniskās metodes sastāvdaļa, un tas attiecas arī uz citām disciplīnām. Piemēram, daži vēsturnieki ir izvirzījuši hipotēzi, ka Seilemas raganu prāvas izraisīja ar melno graudu piesārņotu graudu patēriņš, izraisot masu histēriju.
Kad kāds formulē hipotēzi, viņš to dara ar nolūku to pārbaudīt, un viņam vai viņai nevajadzētu zināt iespējamo pārbaužu rezultātus pirms hipotēzes izvirzīšanas. Formulējot hipotēzi, bieži tiek paturēti prātā zinātniskās metodes ideāli, tāpēc tā ir veidota tā, lai tā būtu pārbaudāma tādā veidā, ko varētu atkārtot citi cilvēki. Tas ir arī skaidrs un vienkāršs, un hipotēze balstās uz zināmu informāciju un argumentāciju.
Hipotēzei nav jābūt pareizai vai nepareizai, taču personai, kas to formulē, ir jābūt gatavam pārbaudīt teoriju līdz tās robežām. Ja kāds izvirza hipotēzi, ka, piemēram, X iedarbība izraisa Y laboratorijas žurkām, viņam vai viņai ir jānoskaidro, vai iedarbība uz citām lietām arī izraisa Y. Kad zinātnieki publicē rezultātus, kas apstiprina hipotēzi, viņi bieži sīki izklāsta darbības, ko viņi veikuši, lai mēģinātu atspēkot. to, kā arī darbības, kas to apstiprināja, lai padarītu lietu daudz spēcīgāku.
Dažos gadījumos hipotēze izrādās nepareiza, un tā tiek uzskatīta par pilnīgi pieņemamu, jo tā joprojām veicina zinātnes mērķi. Iepriekš minētajā piemērā, piemēram, parādot, ka X iedarbība neizraisa Y, zinātnieks var ilustrēt, ka ir nepieciešami turpmāki pētījumi par Y. Šajā piemērā fakts, ka hipotēze ir nepareiza, ne vienmēr nozīmē, ka viela X ir droša, jo viela X joprojām var izraisīt kaut ko citu.
Ir arī iespējams, ka hipotēze pēc pārbaudes izrādās nepārliecinoša. Tas var būt tāpēc, ka zinātniekam trūkst testēšanai nepieciešamo rīku, kas liecina, ka idejas pārbaudei nākotnē varētu izmantot progresīvas zinātniskas metodes. Tas var būt arī nepietiekamas informācijas rezultāts vai hipotēze, kas vienkārši ir slikti izveidota un grūti pārbaudāma.