Hlorokvīns ir pretmalārijas līdzeklis. Ārsti parasti var izārstēt cilvēkus, kuri ir inficēti ar malārijas parazītu ar dažādām zālēm, arī ar šo, bet dažreiz parazīts ir imūns pret noteiktām zālēm. Hlorokvīna rezistences gadījumā šķiet, ka parazīts ir attīstījies tādā veidā, kas neļauj zālēm iekļūt parazīta šūnā. Hlorokvīna rezistence ir svarīga malārijas kontrolei tajos pasaules reģionos, kur šī slimība pastāv.
Četras dažādas parazītu sugas izraisa malāriju. Tie ir Plasmodium falciparum, P. vivax, P. malariae un P. ovale. Trīs no šīm sugām izraisa slimību, kas nav dzīvībai bīstama, bet P.falciparum var potenciāli nogalināt inficētos cilvēkus. 1930. gados Vācijas uzņēmuma Bayer zinātnieks Hanss Andersags identificēja hlorokvīnu kā potenciāli noderīgu ķīmisku vielu. Tas kļuva par malārijas ārstēšanas līdzekli 1946. gadā. Tāpēc hlorokvīns ir izmantots gadu desmitiem.
Šāda veida zāles vienmēr ir paredzētas vienai vai vairākām specifiskām parazīta pazīmēm. Hlorokvīna gadījumā šķiet, ka mērķis ir parazīta ģenētiskais materiāls un noteiktu produktu uzglabāšana un detoksikācija. Ar visām šīm darbībām kopā, zāles izdodas nogalināt parazītu.
Tomēr, lai iedarbotos uz parazītu, hlorokvīnam ir jānokļūst Plasmodium šūnā. Katrai atsevišķai parazīta šūnai ir šūnu struktūra, un viena no šūnas iezīmēm ir barības vakuola, slēgtas zonas, kur sadalās šūnas uzņemtā barība. Tieši šajās pārtikas vakuolās uzkrājas hlorokvīna molekulas, un rodas zāļu iedarbība. Zinātnieki uzskata, ka zāles neļauj šūnai savākt pārtikas toksiskos atkritumus un padarīt tos nekaitīgus. Pēc tam šūna mirst no tajā esošajām toksiskajām molekulām.
Malārijas pacienti gadu gaitā ir saņēmuši hlorokvīnu un citus pretmalārijas līdzekļus. Parazīts, kas sākotnēji bija uzņēmīgs pret zālēm, attīstīja rezistenci pret hlorokvīnu, reaģējot uz tā iedarbību. Šķiet, ka rezistencei ir ģenētiska izcelsme, un to izraisa daži parazīti, kuriem bija dažādas ģenētiskā materiāla izmaiņas, kas pārdzīvoja ārstēšanu ar hlorokvīnu. Šīs jaunās parazītu versijas kļuva par dominējošo veidu apgabalos, kur ārstēšana ar hlorokvīnu nogalināja visas uzņēmīgās Plasmodia. Bīstamā malārijas forma Plasmodium falciparum ir izturīga pret zālēm daudzās jomās, un arī P. vivax var būt rezistenta.
Viens no hlorokvīna rezistences skaidrojumiem ir tāds, ka parazīta gēni radīja jaunas transportermolekulu versijas. Šīs transportermolekulas palīdz pārvietot vielas, piemēram, zāles, pa membrānām. Viena teorija par hlorokvīna rezistenci ir tāda, ka jaunām transportētāju versijām izdodas nosūtīt hlorokvīna molekulas atpakaļ no vakuola, lai samazinātu iespējamos parazīta bojājumus. Precīzs veids, kādā Plasmodium pretojas zāļu iedarbībai, tomēr nav labi zināms.