To dēvē arī par diennakts ritmu, iekšējais pulkstenis ir termins, ko lieto, lai aprakstītu aptuveni divdesmit četru stundu ciklu, kas ir raksturīgs lielākajai daļai dzīvo būtņu. Līdztekus cilvēkiem augiem, citiem zīdītājiem un citām dzīvām radībām ir iekšējais pulkstenis. Tāpat kā ar pulksteni, ko izmanto laika noteikšanai, indivīda diennakts cikls ir vairāk vai mazāk nemainīgs, un to nosaka gan iekšējās bioloģiskās funkcijas, gan ārējie stimuli, kas izraisa uzvedības modeļus, kas zināmā mērā modificē pulksteni.
Iekšējā pulksteņa nozīmi nevar novērtēt par zemu. Kad pulkstenis ir sinhronizēts ar indivīda ikdienas modeli, dzīvības uzturēšanai nepieciešamie darbi notiek vairāk vai mazāk regulārā grafikā. Piemēram, indivīds katru nakti kļūst miegains aptuveni vienā un tajā pašā laikā, kā arī, visticamāk, no rīta dabiski pamostas vienā un tajā pašā laikā. Tieksme pēc ēdiena, visticamāk, radīsies aptuveni vienā un tajā pašā laikā katru dienu. Iekšējās programmēšanas un ārējās stimulācijas kombinācija nodrošina pulksteņa konsekventu darbību un tādējādi palīdz nodrošināt, ka indivīds paliek vesels.
Tomēr ārējie faktori var izraisīt arī iekšējā pulksteņa izmaiņas. Piemēram, cilvēki, kuri strādā naktīs, sākotnēji bieži saskaras ar lielām grūtībām, kad runa ir par pietiekamu atpūtu. Pieņemot, ka indivīda iekšējais pulkstenis ir iestatīts miega režīmā, kad ir tumšs, un ceļas, kad pienāk rīts, ir nepieciešams pielāgošanās periods, pirms dienas laikā ir iespējams gulēt. Daļēji tumšas vides radīšana, kurā indivīds mēģina gulēt, dažreiz var palīdzēt šim modifikācijas procesam. Veicot šo darbību, ir vieglāk izveidot jaunu miega ciklu un sasniegt mierīgu snaudu dienas laikā.
Vēl viens iekšējā pulksteņa modifikācijas piemērs ir ceļošana. Personai pārejot no vienas laika zonas uz citu, dabiskais ritms var tikt izsists no līdzsvara. Rezultāts ir tas, ko parasti sauc par jet lag, situāciju, kurā indivīds jūtas nedaudz noguris un var piedzīvot bezmiegu, līdz ķermenis pielāgojas jaunajai laika joslai.
Iekšējā pulksteņa pašreizējā stāvokļa novērtēšana parasti ietver ķermeņa temperatūras, kā arī čiekurveida dziedzera ražotā melatonīna līmeņa uzraudzību. Novērojot izmaiņas šajos divos faktoros divdesmit četru stundu laikā, var vieglāk noteikt pašreizējo modeli, kas saistīts ar ķermeņa dabisko ritmu, un salīdzināt to ar indivīda ikdienas rutīnu. Veicot šāda veida pētījumus, ir iespējams noteikt, cik labi indivīds pielāgojas laika, vietas un apstākļu izmaiņām, kā arī sniegt norādes, kā palīdzēt šajā pielāgošanā.