1620. gadā, kad svētceļnieki ieradās Jaunanglijā, Pequot cilts atradās netālu no Temzas upes Konektikutā. Pekvoti bija sahema jeb galvenā priekšnieka, vārdā Sassacus, vadībā. Ciltī notika sacelšanās, kuru vadīja apakšpriekšnieks vārdā Uncas par to, kā reaģēt uz Eiropas apmetni. Uncas izšķīrās ar Piketu un aizveda savus sekotājus uz citu ciematu, kur viņš nodibināja indiāņu moheganu cilti. Uncas izveidoja aliansi ar baltajiem kolonistiem, un pēc Pequot sakāves Pequot karā 1637. gadā viņš kļuva par Mohegan un atlikušā Pequot priekšnieku.
Tāpat kā citi ziemeļu vietējie iedzīvotāji, Mohegan cilts dzīvoja gar ūdeni vigvamos un garās mājās, kas celtas no stabiem, kas pārklāti ar mizu. Viņi medīja, makšķerēja, saimniekoja un ceļoja ar bērza mizas kanoe laivām. Viņi palika angļu sabiedrotie pret frančiem un spēja saglabāt savu zemi un autonomiju ilgāk nekā daudzi viņu kaimiņi, taču galu galā lielu daļu viņu zemes ieņēma baltie kolonisti.
Astoņpadsmitajā gadsimtā daudzi Mohegan locekļi pievērsās kristietībai. Samsons Okums bija viens no pirmajiem indiešiem, kurš kļuva par ordinētu kristiešu kalpotāju. Viņš nodibināja kristīgo indiešu skolu un kādu laiku pavadīja Anglijā, lai piesaistītu naudu no karaļa un citiem patroniem, lai atbalstītu organizāciju. Viņš atgriezās kolonijās, lai uzzinātu, ka viņa skola ir pārņemta un pārcelta uz Ņūhempšīru, kur tā galu galā kļuva par Dartmutas koledžu.
1827. gadā federālā valdība pieprasīja visu necivilizēto un nekristīgo cilšu pārvietošanu uz rietumu teritorijām. Viens no mantojumiem, ko Simsons Okums atstāja savai tautai, bija kristiešu cilts reputācija. Lai to pastiprinātu, trīs cilšu sievietes nodibināja Mohegan baznīcu, un Mohegan cilts tika atbrīvota no piespiedu pārvietošanas.
Moheganu cilts saņēma federālu atzīšanu kā neatkarīga valsts 1994. gadā un beidzot nokārtoja savas zemes pretenzijas ar Konektikutu. Tautai ir konstitūcija, un to pārvalda demokrātiski ievēlēta deviņu cilvēku cilšu padome un septiņu cilvēku Vecāko padome. Cilšu padome pārrauga tiesu un kultūras jautājumus, un tai ir likumdošanas vara attiecībā uz cilts piederību un reģistrāciju. Vecāko padomei ir gan izpildvaras, gan likumdošanas vara konstitūcijā noteiktajās jomās. Tribe ir divas tiesas: Mohegan Gaming Disputes Court, kas izskata lietas par azartspēlēm, un Mohegan Tribal Court, kas izskata visus ar azartspēlēm nesaistītus jautājumus.
Sabiedriskā darba un iesaistīšanās senais mantojums joprojām ir ļoti aktīvs Mohegan ciltī. Viņiem ir liels spēļu kūrorts, spa, kā arī ēdināšanas un mazumtirdzniecības zona ar nosaukumu Mohegan Sun, kas nodrošina darbu daudziem cilts locekļiem. Cilts izmanto ienākumus, lai segtu savu mājokli un citas vajadzības. Katru gadu cilts atdod trīs ceturtdaļas no sava federālā naudas piešķīruma, lai tos pārdalītu citām Indijas valstīm, kurām ir lielāka vajadzība.
Turklāt Mohegan Tribe un Pequot Tribe, kam pieder divi Indijas kazino šajā štatā, ir brīvprātīgi piekrituši atdot 25% no saviem spēļu automātu ienākumiem Konektikutas štatam 8% korporatīvo spēļu nodokļa vietā. Rezultātā ciltis faktiski maksā divreiz vairāk, nekā būtu to uzņēmumu ienākuma nodoklis, un tās ir lielākais štata ieņēmumu avots blakus federālajai valdībai. Moheganu cilts uzskata, ka tai ir pienākums rūpēties par savējiem, un tā ir veikusi daudzus ziedojumus un dotācijas skolām, slimnīcām un citiem sabiedriskajiem pakalpojumiem.