Bioķīmijā RNS gēla elektroforēze ir izplatīta metode, ko izmanto, lai analizētu bioloģisko molekulu, ko sauc par ribonukleīnskābi (RNS). Gēla elektroforēze atdala molekulas pēc izmēra un lādiņa, kad tās tiek “sijātas” caur loksni, kas izgatavota no želatīna ķīmiskas vielas. Šo procesu visbiežāk izmanto laboratorijās, lai analizētu dezoksiribonukleīnskābes (DNS) vai RNS fragmentus, molekulas, kas satur organisma ģenētisko informāciju. RNS gēla elektroforēze nedaudz atšķiras no DNS gēla elektroforēzes procedūrā, jo RNS molekulas atšķirībā no DNS ir vienpavedienu ķēdes, kurām ir tendence salocīt struktūrās. Tas apgrūtina RNS fragmentu atdalīšanu pēc izmēra.
Pirmais solis RNS gēla elektroforēzē ir RNS molekulu izolēšana no parauga bioloģiskajām šūnām. Parauga audi tiek izšķīdināti īpašā ķīmisko vielu maisījumā un attīrīti, lai noņemtu fermentu RNāzi, olbaltumvielas un DNS. Īpaši svarīgi, lai paraugs nevienā procesa brīdī nebūtu piesārņots ar RNāzi, jo RNāze katalizē RNS molekulu sadalīšanos, izraisot to sadalīšanos. Pēc parauga attīrīšanas to atdzesē un pievieno citu ķīmisku vielu, lai RNS nogulsnētos vai izkristu kā cieta viela no šķīduma. Pēc tam paraugu ievieto centrifūgā, kas to griež lielā ātrumā un izolē cietās nogulsnes parauga mēģenes apakšā.
DNS vai RNS gēla elektroforēzes procedūrā attīrītās bioloģiskās molekulas pievieno iedobēm plakanas gēla loksnes vienā galā. Pēc tam caur želeju tiek vadīta elektriskā strāva. Tā kā DNS un RNS molekulas ir negatīvi lādētas, tās pievelk pozitīvajam elektrodam gēla tālākajā galā un migrē cauri porām gēlā uz šo galu. Gēla porām ir fiksēts izmērs, tāpēc mazāki DNS vai RNS fragmenti migrē ātrāk nekā lielāki fragmenti, kuriem ir lielākas grūtības pārvietoties pa poraino matricu.
Pēc tam, kad gēls ir darbināts noteiktu laiku, elektriskā strāva tiek izslēgta un rezultāti tiek pārbaudīti. Šajā brīdī DNS vai RNS molekulas var iekrāsot un padarīt tās redzamas. Katrs fragments parādīsies kā josla citā želejas punktā atkarībā no tā, cik tālu tas varēja migrēt, ņemot vērā tā izmēru. Fragmentu atdalīšana pēc lieluma var būt noderīga, salīdzinot paraugus, piemēram, kriminālistikā, lai noteiktu, vai ir atbilstība — identiskiem paraugiem būs identiski joslu modeļi.
RNS gēla elektroforēzē ir nepieciešams papildu denaturēšanas posms, pirms var palaist gēlu. Normālos apstākļos RNS molekulas salips vai salokās sekundārās struktūrās, ietekmējot RNS fragmentu mobilitāti caur gēlu. Lai tas nenotiktu, RNS paraugs ir jādenaturē, pievienojot paraugam un gēlam ķīmisku vielu, piemēram, formaldehīdu.