Baktēriju identificēšana ir process, ko izmanto, lai precīzi noteiktu konkrētu baktēriju identitāti. Tā ir svarīga medicīniskās ārstēšanas sastāvdaļa, jo daudzas ārstēšanas metodes ir ļoti atkarīgas no konkrētā organisma identitātes, kas izraisa medicīnisku problēmu, un tā ir arī svarīga zinātniskās izpētes sastāvdaļa. Baktēriju identificēšanā tiek izmantotas vairākas metodes, un arvien tiek izstrādātas jaunas metodes, jo cilvēki uzzina vairāk par baktērijām un tiek izstrādātas jaunas medicīniskās iekārtas.
Pirmajā baktēriju identificēšanas posmā tiek izveidots izolāts, kas ir attiecīgās baktērijas darba paraugs. Izolāti sākas ar nelielu aizdomīgo baktēriju tamponu, kas paņemts no pacienta vai objekta. Izolāts tiek izveidots, atrodot augšanas barotni, kas atbalstīs baktērijas, un veiksmīgi kultivējot pietiekami daudz baktēriju izpētei. Tas var būt īsts izaicinājums, jo baktērijas ir ļoti izvēlīgas, un tās nevairosies jebkurā vidē. Ir svarīgi arī izvairīties no augšanas vides vai parauga piesārņošanas, jo tas var radīt neskaidrus rezultātus.
Kad baktērija ir kultivēta, var izmantot dažādus rīkus, lai sniegtu norādes par tās identitāti. Viens no visvienkāršākajiem ir Grama traips, kas, izmantojot ķīmisku traipu, sadala baktērijas grampozitīvās un gramnegatīvās baktērijās. Lai palielinātu kontrastu, var izmantot citus traipus, padarot baktērijas vieglāk pamanāmas mikroskopā. Vizuālu identifikāciju mikroskopā parasti var veikt ar pazīstamām baktēriju sugām, īpaši tām, kurām ir atšķirīga forma.
Baktēriju identifikācijas arsenālā ir vairāk rīku. Pētnieks var izmantot seroloģiskās metodes, kas ietver nezināmu baktēriju parauga pakļaušanu dažādām antivielām, lai noskaidrotu, vai ir reakcija, vai gēnu sekvencēšanu, kurā tiek atšķetināts baktērijas ģenētiskais kods. Gēnu sekvencēšanu var izmantot arī, lai atšķirtu divus cieši saistītus baktēriju celmus, sniedzot informāciju par to, kāpēc viens celms reaģē uz noteiktu zāļu kursu, bet cits ne. Var pētīt arī reakciju uz dažādām ķīmiskām vielām un stimuliem, piemēram, ultravioleto starojumu.
Baktēriju identificēšana parasti tiek veikta laboratorijā, jo laboratorijās ir medicīnas aprīkojums, ķīmiskās vielas un instrumenti, kurus var izmantot, lai noskaidrotu baktērijas identitāti. Dažas laboratorijas specializējas slimnīcu un medicīnas klīniku paraugu audzēšanā un identificēšanā, savukārt citas koncentrējas uz pētniecību, identificējot jaunu un nezināmu baktēriju paraugus, lai tos varētu klasificēt. Laboratorijas vide tiek stingri kontrolēta, lai novērstu laboratorijas darbinieku inficēšanos un nejaušu inficēšanos, īpaši virulentus organismus pētot augstas drošības laboratorijās, kas ietver vairākus zinātnieku aizsardzības līmeņus.