Lielākajā daļā pasaules militāro spēku flotes kapteinis ir augstākā līmeņa virsnieks, kurš ir atbildīgs par zemāka ranga virsnieku un iesauktā personāla komandēšanu un organizēšanu jūras misijās. Viņš vai viņa bieži ir kuģa vai zemūdenes komandieris, bet ne vienmēr. Jūras spēku virsniekiem var būt daudz dažādu darbu. Papildus darbam kuģos kapteiņus var izvietot bāzēs, lai organizētu apmācību, mācītu dienesta akadēmijās vai veiktu juridiskus vai medicīniskus uzdevumus. Viņu darba pienākumus nosaka gan kapteiņa pakāpe, gan profesionālā pieredze.
Jūras spēki pēc definīcijas ir valsts jūras aizsardzības vienība. Lielākā daļa flotes ir sadalītas divās paralēlās līnijās: kareivji un virsnieki. Abas ir hierarhiskas sistēmas, kurās locekļi uzņemas arvien lielāku atbildību un pienākumus ar katru pakāpes pieaugumu. Gandrīz visos gadījumos kapteiņi ir vecākie virsnieki. Lielāko daļu laika kapteinis ir nodienējis vismaz 15 gadus un šajā laikā ir ieguvis plašu pieredzi kādā jūras kaujas aspektā.
Tradicionāli kapteiņa titulu piešķir ikvienam, kas vada kuģi vai jūras kuģi. Tas var padarīt flotes kapteiņa amata definēšanu nedaudz mulsinošu, jo daudzi jūras spēku kuģu kapteiņi nav sasnieguši virsnieka kapteiņa pakāpi vai faktiski to ir pārsnieguši. Cīņā un uz lielākiem kara kuģiem komanda gandrīz vienmēr tiek dota tiem, kam ir kapteiņa vai augstāka pakāpe. Mazākos kuģos, labas gribas misijās un izpētes kruīzos dažkārt apkalpo zemāka ranga virsnieki vai pārmaiņus kapteiņi un citi eksperti.
Vairumā gadījumu uz jebkura kuģa ir vairāk kapteiņu, nekā nepieciešams, lai faktiski vadītu kuģi. Kapteiņi pavada jūras spēku vienības un vada to darbības, atrodoties uz klāja. Tas bieži vien ir saistīts ar stratēģijām, kaujas plānošanu un analīzi.
Jūras spēku kapteinis parasti tiek norīkots noteiktā jūras dienesta divīzijā. Viņa vai viņas īpašie darba pienākumi būs saistīti ar šo specialitāti. Daži ir apmācīti aviācijā, bet citi koncentrējas uz stratēģiju; vēl citi ir specializējušies inženierzinātnēs, tehnoloģijās vai spiegošanā. Katrā sektorā ir uzticīgi darbinieki. Kapteiņa līmenī virsnieki pilda augsta līmeņa direktoru pienākumus, veido plānus un dod pavēles. Atkarībā no vienības lieluma jūras kara flotes kapteinis var būt vecākais virsnieks, kas padara viņu par de facto vadītāju, kuram katram dalībniekam ir jāpilda saistības.
Ne katrs flotes kapteinis ir tieši iesaistīts kaujas operācijās. Lielāko daļu laika flotes apmāca virsniekus tiesību zinātnē, medicīnā un citās civilajās specialitātēs, lai militārpersonām un viņu ģimenēm būtu viegli piekļūt nepieciešamajiem pakalpojumiem neatkarīgi no tā, kur viņi ir norīkoti. Jūras spēku ārsts, kurš dienestā pavadījis pietiekami daudz laika, var iegūt, piemēram, kapteiņa pakāpi. Tas padarīs viņu vecāka gadagājuma, kas bieži vien nodrošina lielāku izvēli attiecībā uz ievietošanas vietām, darba laiku un citiem dzīves kvalitātes apsvērumiem. Jūras spēku profesionāļiem ir jārespektē dienesta pakāpe, taču reti kad viņi atrodas pavēles situācijās, kā viņi būtu kaujā.