Klindamicīns ir antibiotika, ko parasti uzskata par drošu grūtniecības laikā, jo īpaši ņemot vērā to, ka dažas neārstētas infekcijas var izraisīt priekšlaicīgas dzemdības. Ārsti visbiežāk izraksta klindamicīnu grūtniecības laikā, lai novērstu bakteriālas vaginozes un infekciju draudus dzemdē vai augļa audos. ASV Pārtikas un zāļu pārvalde (FDA) iekļāva šīs zāles B grūtniecības kategorijā, jo pētījumi neliecina par kaitīgu ietekmi uz dzīvnieku augli. No otras puses, ir zināms, ka šīs zāles šķērso placentu, un, tā kā pētījumi ar cilvēkiem nav pietiekami, lai apstiprinātu to drošību, tās drīkst lietot tikai tad, ja ārsts uzskata, ka to ieguvumi pārsniedz jebkādu risku sievietei un auglim.
Bakteriālā vaginoze ir izplatīta infekcija, kas parasti jāārstē grūtniecības laikā, jo tā var kaitēt auglim. Galvenie riski ietver paaugstinātu priekšlaicīgu dzemdību iespējamību un zemu dzimšanas svaru. Lai gan klindamicīna lietošana var ārstēt infekciju, šis stāvoklis bieži ir asimptomātisks, tāpēc sievietes, kurām ir nosliece uz priekšlaicīgām dzemdībām, to var pārbaudīt, neskatoties uz simptomu trūkumu. Tas parāda, cik bīstami tas var būt, ja to neārstē, un kāpēc klindamicīns grūtniecības laikā bieži ir nepieciešams, ja tiek diagnosticēta bakteriāla vaginoze.
Šīs zāles dažreiz lieto arī, lai ārstētu infekcijas augļa audos vai dzemdē, jo tās var šķērsot placentu. No otras puses, ārsti var gaidīt, līdz bērns piedzims, lai ārstētu noteiktas mātes infekcijas, ja tās ir nelielas un nerada briesmas mātei vai mazulim. Piemēram, ārsti, visticamāk, neizmantos klindamicīnu grūtniecības laikā pūtīšu ārstēšanai, jo šī stāvokļa riski parasti neatsver risku, ko rada lielākā daļa zāļu grūtniecības laikā. Tā vietā viņi var gaidīt, līdz bērns piedzims, vai izvēlēties antibiotiku, kas ir pienācīgi pētīts cilvēkiem.
Lai gan pētījumi ar dzīvniekiem neuzrāda paaugstinātu iedzimtu defektu risku, lietojot klindamicīnu grūtniecības laikā, tāpēc tas ir B grūtniecības kategorijā, tas joprojām ir jālieto piesardzīgi. Tas ir tāpēc, ka pētījumi, kas veikti ar cilvēkiem, nebija pietiekami kontrolēti, lai noteiktu precīzu ietekmi uz cilvēka augli. Lai būtu drošībā, daudzi ārsti šīs zāles izraksta tikai otrajā trimestrī, kas var samazināt spontāno abortu vai iedzimtu defektu risku. Turklāt jāņem vērā, ka šīs zāles nelielos daudzumos izdalās mātes pienā, tāpēc mātēm, kas baro bērnu ar krūti, ir ieteicams pagaidīt vairākas stundas pirms barošanas ar krūti, ja viņām jālieto šīs zāles.