Ir grūti noteikt, vai kādas zāles ir vai nav 100% drošas lietošanai grūtniecības laikā, un kodeīns nav izņēmums. Pētījumi par kodeīna lietošanu grūtniecības laikā nav izslēdzuši risku, kas var ietekmēt zīdaiņu attīstību. Parasti ārsti izvairās to parakstīt, ja vien viņi nenosaka, ka ieguvumi no zāļu lietošanas atsver iespējamos riskus, ar kuriem sieviete uzņemas to lietošanas laikā. Galvenais no šiem riskiem var būt augšanas aizkavēšanās un augļa atkarība no zālēm. Pastāv arī iespēja, ka auglim būs abstinences simptomi, kad viņa māte pārtrauks lietot zāles.
Parasti ārsti nelabprāt izraksta zāles grūtniecības laikā. Tas ir saistīts ar faktu, ka ir grūti zināt, vai pat vieglas zāles izraisīs iedzimtus defektus vai citādi nelabvēlīgi ietekmēs augli. Ārsti tomēr izraksta kodeīnu grūtniecības laikā, ja viņi nosaka, ka ieguvumi topošajai māmiņai atsvērs risku auglim. Piemēram, ja sieviete cieš no vidēji smagām līdz stiprām sāpēm, ārsts var izrakstīt kodeīnu, lai tās mazinātu. Dažos gadījumos ārsti izraksta arī kodeīnu, lai palīdzētu nomākt klepu.
Kodeīna drošība grūtniecības laikā nav skaidra, jo nav veikti pietiekami daudz kontrolētu pētījumu, lai noteiktu, vai tas rada nopietnu risku jaunattīstības bērnam. Šķiet, ka galvenais kodeīna lietošanas risks grūtniecības laikā ir atkarība. Kodeīns var izraisīt atkarību ne tikai topošajai māmiņai, bet arī viņas mazulim, kas attīstās. Turklāt pastāv bažas, ka kodeīna lietošana grūtniecības laikā var izraisīt augļa augšanas aizkavēšanos. Faktiski kodeīna lietošana var pat izraisīt auglim abstinences simptomus, kad topošā māte pārtrauc to lietot.
Ja ārsts konstatē, ka topošās māmiņas nepieciešamība pēc ārstēšanas atsver kodeīna lietošanas risku grūtniecības laikā, viņš var viņai izrakstīt zāles, ievērojot devu. Vairumā gadījumu viņš izrakstīs mazāko devu, kas mazinās sāpes vai nomāc klepu; mazāka deva var palīdzēt samazināt risku bērnam. Viņš var arī ieteikt viņai pārtraukt zāļu lietošanu, tiklīdz viņas simptomi ir mazinājušies vai kļuvuši panesamāki. Kad topošā māmiņa ir piedzimusi, kodeīna lietošana var radīt mazākas bažas. Lai gan zāles var izdalīties ar mātes pienu, kodeīna lietošana zīdīšanas laikā nav saistīta ar augstu riska līmeni.